目的:通过分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织的单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据，联合芪白平肺胶囊的网络药理学，探索IPF患者中与芪白平肺胶囊调控相关的免疫细胞、靶基因及其潜在机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载IPF患者(IPF组)和正常者(对照组)的scRNA-seq数据，采用随机数字表法在2组中各选取20个样本用于分析IPF的免疫细胞群及其比例变化。对各免疫细胞群进行差异基因分析，将 P<0.05和|logFC|>0.6的基因鉴定为差异基因。对差异基因进行基因本体论(GO)-生物过程富集分析，探索参与IPF疾病进程的潜在分子功能及机制。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取芪白平肺胶囊主要活性成分和靶基因，并对靶基因进行GO和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过将芪白平肺胶囊靶基因映射到IPF免疫细胞差异基因，构建"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络。通过GO和KEGG富集分析探索芪白平肺胶囊用于治疗IPF患者的潜在作用机制。通过STRING数据库和Cytoscape软件对"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络中靶基因进行蛋白质互作分析并寻找关键靶基因。 结果:在IPF组和对照组的肺组织中共发现B细胞、T细胞和先天淋巴细胞等18个免疫细胞群。与对照组比较，IPF组中经典2型树突状细胞、肥大细胞、浆细胞样树突细胞和调节性T细胞比例均增加，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。18个免疫细胞群共包含534个差异基因，参与了淋巴细胞的活化、抗原的加工和呈递、白细胞的迁移和趋化作用等免疫相关生物过程。芪白平肺胶囊包含18个有效活性成分和239个靶基因，其中联苯双酯、槲皮素、毛异黄酮等9个活性成分靶向IPF中除浆细胞样树突细胞外的17个免疫细胞群与IL-1B、VEGFA、FOS等42个差异基因。这些靶向差异基因主要富集于活性氧或氧化应激相关通路与多个免疫信号通路，包括IL-17、MAPK、TNF通路等。 结论:芪白平肺胶囊可能靶向多种免疫细胞，并通过活性氧或氧化应激相关通路与IL-17、MAPK、TNF等免疫信号通路，调控IPF患者的免疫炎症反应。

目的:探讨儿童急性淋巴细胞白血病（ALL）合并毛霉菌病的临床特征及预后。方法:回顾性分析2020年10月至2021年1月收治于郑州大学第一附属manbet官网登录 儿童血液肿瘤科的3例ALL合并毛霉菌病患儿的临床资料。分别以“急性淋巴细胞白血病”“毛霉菌病”“acute lymphoblastic leukemia”“mucormycosis”为检索词检索中国知网、万方数据库、PubMed数据库自建库至2021年6月的相关文献，总结ALL合并毛霉菌病的临床特点、诊疗经过及预后。结果:例1，男，12岁，因“确诊ALL 7 d”就诊，诱导化疗期间出现发热、胸痛，肺泡灌洗液宏基因组二代测序（mNGS）检出米根霉菌，应用两性霉素B联合泊沙康唑，病情好转后改为泊沙康唑单药应用，出现骨质破坏，再次加用两性霉素B。例2，男，4岁，因“面色苍白1个月，皮肤出血点10 d”就诊，诊断为ALL，诱导化疗期间出现咳嗽、发热，血液mNGS检出微小根毛霉，应用两性霉素B联合伏立康唑，出现播散感染，改为两性霉素B联合泊沙康唑，并行皮肤创面封闭式负压引流术。例3，女，2岁，因“发热20 d，下肢跛行10 d，咳嗽6 d”就诊，诊断为ALL，诱导化疗期间出现发热、咳嗽，肺泡灌洗液mNGS检出微小根毛霉，应用两性霉素B联合泊沙康唑，病情好转后改为泊沙康唑单药应用。随访至2021年6月，3例患儿病情好转，未出现毛霉菌感染反复，原发病处于完全缓解状态。检索符合条件的中文文献7篇、英文文献17篇，共25例儿童ALL合并毛霉菌病患儿。结合本组3例，28例中11例鼻眶脑型，4例肺型，2例皮肤型，2例胃肠道型，9例播散型。17例发生于诱导化疗期间，8例发生于维持化疗期间，3例发生于造血干细胞移植后。15例曾应用伏立康唑治疗。19例药物联合手术治疗，7例单纯药物治疗，2例未治疗。21例经治疗后好转，7例死亡。结论:ALL合并毛霉菌病多发生于诱导化疗阶段，临床表现缺乏特异性。早期行mNGS可协助明确病原体，为明确诊断提供依据。病情需要时联合外科手术治疗，有助于改善预后。

目的:探讨宏基因组高通量测序技术（mNGS）在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法:回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者，并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等，同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果，将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果:83例患者112份样本进行了mNGS检测，共确定病原微生物34种。其中细菌11种，共17例次，最常见为大肠埃希菌（4/17）。真菌7种，共10例次，白色念珠菌（2/10）。病毒16种，共129例次，细环病毒30.2%（39/129）、CMV 25.6%（33/129）、EBV 14.0%（18/129）。以常规检测手段为金标准，mNGS敏感性为86.5%，特异性为45.0%。单一病原体感染的样本，mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%（29/35）；共感染样本中，mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论:mNGS有助于确定感染病原体，可作为常见手段的补充诊断方式。

目的:探讨核分裂周期蛋白80(NDC80)基因在胶质瘤中的表达及其生物学功能。方法:通过提取癌症基因组图谱数据库(TCGA)中胶质瘤患者的相关临床资料和测序数据，分析NDC80基因表达与胶质瘤患者临床参数及预后的关系。分析与NDC80共表达的基因，并对这些基因进行富集分析。通过敲减NDC80基因，探索NDC80表达减少对胶质瘤细胞增殖和细胞周期的影响。结果:NDC80在胶质瘤组织中的表达较正常脑组织高(1.996±1.314、0.099±0.148， P<0.01)，且NDC80的高表达与不良预后相关[风险比( HR)＝5.12， P<0.01)。单因素、多因素Cox回归分析显示NDC80是胶质瘤的独立预后因子(均 P<0.01)。NDC80的共表达基因主要富集在细胞周期等通路上。此外，敲除胶质瘤细胞中的NDC80基因后，细胞的增殖能力受限，细胞周期阻滞在G 0/G 1期。 结论:胶质瘤组织中NDC80的上调是胶质瘤预后不良的独立预测因子。

目的:探讨46，XY性发育异常(DSD)患者的分子诊断方法和临床特点，加深对疾病的认识。方法:采用基于多重PCR的AA芯片法和探针捕获法两种靶向二代测序技术，对2009年7月至2021年6月于上海交通大学医学院附属第九人民manbet官网登录 诊治的206例46，XY DSD患者进行基因检测，并对分子诊断明确患者的临床特点进行分析。结果:206例患者中，同时有小阴茎、尿道下裂、隐睾三种表型的患者诊断率最高，可达75.28%。患者均有不同程度外生殖器男性化不全表现，其中小阴茎伴有尿道下裂最为常见(87.25%)。81例(39.32%)患者检测为单一基因突变，104例(50.49%)患者存在多个基因突变，21例(10.19%)患者未检测到基因突变。根据美国医学遗传学和基因组学(ACMG)指南统计致病和可疑致病比例，发现明确分子诊断的有107例，诊断率为51.94%，包括类固醇5α-还原酶2(SRD5A2)突变40例(37.38%)，雄激素受体(AR)突变36例(33.64%)，类固醇生成因子1(NR5A1)突变18例(16.82%)，17β-羟类固醇脱氢酶3(HSD17B3)突变6例(5.61%)，17α-羟化酶/17，20-裂解酶(CYP17A1)、Wilms肿瘤相关基因1(WT1)、GATA结合蛋白4(GATA4)突变各2例(1.87%)，黄体生成素受体(LHCGR)突变1例(0.93%)。在81例青春期后患者中，29例有乳房发育，其中25例(86.21%)为AR突变。结论:46，XY DSD患者的临床表型和分子病因复杂。靶向二代测序具有高通量、高效率、低成本的优势，尤其对遗传异质性较强的46，XY DSD病因诊断具有重要价值。

目的:探讨一个以妊娠期高血糖为主要表现的胰十二指肠同源盒1（PDX1）基因突变家系的临床表现及分子遗传学机制。方法:回顾性研究一个孕期发现的高血糖家系，其先证者表现为妊娠期高血糖且营养不良，进行单基因糖尿病目标基因二代测序捕获和一代测序验证，比对遗传学数据库，分析突变位点的人群突变频率及物种保守性，并采用Mutation Taster、Polyphen-2、FATHMM等软件进行生物信息学分析，根据美国医学遗传学与基因组学学会分级进行致病性判定，根据基因检测结果对患者的诊治方案进行调整，并回顾文献中PDX1基因突变在妊娠期高血糖中的研究。结果:基因检测提示PDX1基因突变（p.D64E），该突变位点物种保守性高，家系验证提示PDX1基因突变与糖尿病表型共分离，是新发现的位点。先证者除β细胞功能缺陷之外，还合并胰腺外分泌功能障碍，进行胰岛素及胰酶补充治疗后患者孕重增加满意，生化指标恢复正常。回顾文献发现，PDX1基因突变在高加索人种中可导致妊娠期高血糖及围产期不良结局。结论:本研究发现在中国人群中反复出现的妊娠期高血糖可由PDX1基因突变导致，提示对该类患者应进行胰腺外分泌功能检测，如有异常应及时进行功能替代，进而实现精准诊疗。同时提示在妊娠期高血糖人群中建立单基因糖尿病筛查的重要性。

目的:探讨限制性胎盘嵌合(confined placental mosaicism, CPM)对无创产前检测(non-invasive prenatal testing, NIPT)以及妊娠结局的影响。方法:应用低深度全基因组测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)和单核苷酸多态性微阵列技术(single nucleotide polymorphism array，SNP-array)对8例NIPT假阳性病例进行胎盘多个位置的遗传学检测，结合临床资料分析CPM对NIPT以及妊娠结局的影响。结果:在8例NIPT假阳性病例中，5例为CPM，分别为9号三体、13三体、21三体、22三体以及X三体CPM；胎盘不同区域的染色体异常比例差异明显(4%～80%)。5例CPM中，2例表现为胎儿生长受限(fetal growth restriction, FGR)合并其他超声异常，1例表现为孤立性FGR，其余2例生长发育正常。结论:CPM是NIPT假阳性的重要原因，NIPT对CPM有较高的敏感性；CPM可能与FGR相关。重视CPM对于NIPT检测前后的遗传咨询以及妊娠管理有重要帮助。

目的:报道一个中国Smith-Lemli-Opitz综合征家系的临床表型和致病基因变异，并探讨儿童早期诊断的重要性。方法:收集该家系成员的临床资料，抽取外周血基因组DNA，应用高通量测序进行全外显子组检测，对候选基因变异位点进行Sanger测序验证，并提取先证者及其父母外周血RNA进行反转录测序验证。结果:先证者和家系中另一例患儿均表现有智力和运动障碍、小头畸形、小下颌、鼻孔前翻、双足2/3并趾。先证者还有尿道下裂、单一上切牙、血清胆固醇水平降低的表现，其中单一上切牙为该患儿特有的表型；2例患儿均为 DHCR7基因父源c.278C>T(p.T93M)变异和母源c.907G>A (p.G303R)变异，二个变异是已知的致病变异，表型正常的姐姐是p.T93M变异携带者。 结论:DHCR7基因的复合杂合变异c.278C>T(p.T93M)和c.907G>A (p.G303R)是引起该家系患儿发病的遗传学病因，提高对本病的认识有助于其早期诊断和治疗。

目的:探讨不同毛细血管扩张性共济失调突变(ATM)基因表达水平的小脑幕上弥漫性胶质瘤患者的放射治疗剂量与生存预后的关系。方法:回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库中87例小脑幕上弥漫性胶质瘤患者的转录组数据和临床资料，所有患者均接受三维适形放射治疗或调强适形放射治疗。通过转录组测序检测ATM基因的表达量，按ATM基因表达量的中位数将患者分为高表达组和低表达组。采用单因素和多因素Cox回归分析法判断年龄>40岁、男性、星形细胞瘤、异柠檬酸脱氢酶( IDH)突变型、染色体1p/19q联合缺失以及放射治疗剂量是否为两组患者生存预后的独立影响因素。 结果:87例患者ATM基因表达量的中位数(四分位数)为15.0(11.1，20.8)。ATM基因低表达组( n＝44)患者的放射治疗剂量中位数(四分位数)为54.0 (50.4，55.8)Gy；单因素分析结果显示，星形细胞瘤是无进展生存期的危险因素( P＝0.036)，放射治疗剂量是无进展生存期和总生存期的保护性因素(均 P<0.05)；多因素Cox回归分析结果显示，星形细胞瘤( HR＝4.775，95% CI：1.104～20.652， P＝0.036)是无进展生存期的独立危险因素，放射治疗剂量是无进展生存期( HR＝0.847，95% CI：0.761～0.942， P＝0.002)和总生存期( HR＝0.844，95% CI：0.739～0.963， P＝0.012)的独立保护性因素。ATM基因高表达组( n＝43)患者的放射治疗剂量的中位数(四分位数)为54.0 (50.4，57.6)Gy；单因素和多因素Cox回归分析结果均未观察到放射治疗剂量影响无进展生存期和总生存期(均 P>0.05)。 结论:对于ATM基因低表达的患者，增加放射治疗剂量可以改善小脑幕上弥漫性胶质瘤患者的生存预后。

目的:探讨应用基于铁死亡相关长链非编码RNA（lncRNA）构建的预后模型预测结肠癌患者预后的价值。方法:从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因，从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载建库至2021年11月结肠癌患者RNA测序基因数据和临床数据。应用R3.6.3软件对从TCGA数据库获取的结肠癌基因表达数据与FerrDb数据库铁死亡相关基因进行分析，获取结肠癌与正常组织差异表达的铁死亡相关基因；应用R3.6.3软件计算结肠癌铁死亡相关基因和lncRNA之间表达的相关性，确定结肠癌铁死亡相关lncRNA。筛选出与生存相关的差异表达铁死亡相关lncRNA，将其纳入多因素Cox比例风险模型，构建结肠癌预后模型；根据lncRNA表达量，通过预后模型计算结肠癌患者预后的风险评分。根据中位风险评分，将从TCGA数据库收集的临床病例分为高风险组和低风险组，各223例，对两组进行Kaplan-Meier生存分析。应用受试者工作特征（ROC）曲线分析应用预后模型风险评分及临床特征预测所有患者生存的效果。应用GSEA 4.1.0软件对高风险组和低风险组lncRNA进行基因集富集分析（GSEA），采用R3.6.3软件的ggpubr程序包对高风险组和低风险组间差异表达lncRNA进行免疫细胞及免疫功能的单样本基因集富集分析（ssGSEA）。结果:依据数据库获取的铁死亡相关基因和差异表达基因的交集获得了65个差异表达的铁死亡相关基因，分析最终纳入24个结肠癌预后相关lncRNA，基于这些lncRNA构建了预后模型。Kaplan-Meier生存分析显示低风险组的生存优于高风险组（ P<0.001）；ROC曲线分析显示，应用预后模型风险评分预测所有患者1、2、3年生存的曲线下面积（AUC）均>0.750，风险评分预测所有患者1年生存的AUC大于年龄、性别、美国综合癌症网络（NCCN）临床分期、T分期、N分期、M分期。GSEA结果显示，高风险组和低风险组差异表达lncRNA集中在肿瘤和免疫相关通路；ssGSEA结果显示，高风险组和低风险组间T细胞、巨噬细胞、肥大细胞、中性粒细胞、免疫刺激、人白细胞抗原（HLA）及Ⅰ型、Ⅱ型干扰素反应方面均存在差异（均 P<0.05），其中免疫检查位点的CD200、TNFRSF14表达量差异明显（均 P<0.01）。 结论:铁死亡相关lncRNA可能在结肠癌的肿瘤免疫中发挥重要作用，其可用于结肠癌患者的预后分析。