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子宫内膜癌TCGA分子分型与治疗新进展
编辑人员丨1周前
2013年美国癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)完成了子宫内膜癌(endometrial carcinoma,EC)分子分型,将患者分为POLE(DNA polymerase epsilon)突变型、微卫星不稳定高突变(microsatellite instability-high,MSI-H)型、低拷贝数(copy number low,CN-L)型和高拷贝数(copy number high,CN-H)型,后西方学者改良为更贴合临床应用的ProMisE及Trans-PORTEC分型.POLE突变型患者预后较好,复发率较低,可合理减少患者手术范围,术后降级治疗,当患者合并MSI-H或CN-H时仍归为POLE突变型;MSI-H型患者肿瘤突变负荷高,免疫治疗临床获益显著;CN-L型患者最常见,预后仅次于POLE突变型患者,该类患者为保留生育功能行激素治疗缓解率较高;CN-H型患者预后最差,肿瘤具有侵袭性特征及高复发风险,对于该类患者术后需积极补充治疗,避免治疗不足,此外靶向治疗对CN-H患者疗效较好.TCGA分子分型突破了子宫内膜癌传统病理组织学分型评估预后的局限性,为子宫内膜癌的病理特征、预后及临床诊疗决策提供了全新见解.
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编辑人员丨1周前
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芪白平肺胶囊调控特发性肺纤维化相关免疫细胞分子机制的生物信息分析
编辑人员丨1周前
目的:通过分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织的单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据,联合芪白平肺胶囊的网络药理学,探索IPF患者中与芪白平肺胶囊调控相关的免疫细胞、靶基因及其潜在机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载IPF患者(IPF组)和正常者(对照组)的scRNA-seq数据,采用随机数字表法在2组中各选取20个样本用于分析IPF的免疫细胞群及其比例变化。对各免疫细胞群进行差异基因分析,将 P<0.05和|logFC|>0.6的基因鉴定为差异基因。对差异基因进行基因本体论(GO)-生物过程富集分析,探索参与IPF疾病进程的潜在分子功能及机制。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取芪白平肺胶囊主要活性成分和靶基因,并对靶基因进行GO和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过将芪白平肺胶囊靶基因映射到IPF免疫细胞差异基因,构建"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络。通过GO和KEGG富集分析探索芪白平肺胶囊用于治疗IPF患者的潜在作用机制。通过STRING数据库和Cytoscape软件对"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络中靶基因进行蛋白质互作分析并寻找关键靶基因。 结果:在IPF组和对照组的肺组织中共发现B细胞、T细胞和先天淋巴细胞等18个免疫细胞群。与对照组比较,IPF组中经典2型树突状细胞、肥大细胞、浆细胞样树突细胞和调节性T细胞比例均增加,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。18个免疫细胞群共包含534个差异基因,参与了淋巴细胞的活化、抗原的加工和呈递、白细胞的迁移和趋化作用等免疫相关生物过程。芪白平肺胶囊包含18个有效活性成分和239个靶基因,其中联苯双酯、槲皮素、毛异黄酮等9个活性成分靶向IPF中除浆细胞样树突细胞外的17个免疫细胞群与IL-1B、VEGFA、FOS等42个差异基因。这些靶向差异基因主要富集于活性氧或氧化应激相关通路与多个免疫信号通路,包括IL-17、MAPK、TNF通路等。 结论:芪白平肺胶囊可能靶向多种免疫细胞,并通过活性氧或氧化应激相关通路与IL-17、MAPK、TNF等免疫信号通路,调控IPF患者的免疫炎症反应。
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编辑人员丨1周前
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不同剂量率 60Co γ射线照射对人外周血辐射敏感基因表达变化的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨不同剂量率 60Co γ射线照射对辐射诱导的基因表达水平改变的影响。 方法:60Co γ射线照射3例正常人离体外周血,剂量率分别为0.2、1.0和2.0 Gy/min,照射剂量为0、1、2、4和6 Gy,照射后24 h收集细胞,实时荧光定量(PCR)法对11个基因(CDKN1A、MDM2、PCNA、FDXR、GADD45A、PHPT1、ASTN2、TNFSF4、POLH、GDF-15和PPM1D)mRNA表达水平进行相对定量检测;逐步回归法构建不同剂量率基因组合表达模型。 结果:不同剂量率0.2、1和2 Gy/min 60Co γ射线照射后,辐射诱导的11个基因的相对表达量随照射剂量增加而升高,具有显著的剂量依赖性( R2=0.744~0.998, P< 0.05);0.2 Gy/min 60Co γ射线照射2 Gy后,CDKN1A、FDXR、PHPT1和TNFSF4基因的表达量明显高于1和2 Gy/min剂量率组,差异具有统计学意义( t=3.73、5.73、2.44、2.77、3.53、2.68、2.43、2.05, P< 0.05);2 Gy/min 60Co γ射线照射6 Gy后,PPM1D基因表达量明显高于其他两个剂量率组( t=3.82、2.54, P< 0.05);不同剂量率基因组合表达模型由2~3个基因组成,回归方程的 R2值为0.951~0.976( P< 0.05)。 结论:在0.2~2 Gy/min剂量率范围内,不同剂量率 60Co γ射线照射可能会影响辐射诱导人外周血基因表达水平的改变。
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编辑人员丨1周前
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克隆性造血在心血管疾病中的认识和研究进展
编辑人员丨1周前
心血管疾病是导致老年人死亡的主要原因,其发病率随增龄而逐渐增加。传统的危险因素不能完全预测心血管疾病的发展。近年来,随着高通量二代基因组测序技术的出现,发现衰老能够使造血细胞中血液肿瘤相关基因突变频率增加,这些突变能够为造血细胞提供竞争性生长优势,从而允许其克隆性扩张,这一现象被称为意义不明的克隆性造血。克隆性造血在中老年人群中普遍存在,并且能够导致个体发生血液肿瘤的风险以及全因死亡率增加。越来越多的证据表明,克隆性造血通过炎症反应的激活参与了多种心血管疾病的发生和发展。现就克隆性造血在心血管疾病中的认识和研究进展进行综述。
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编辑人员丨1周前
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胃癌相关的竞争内源性RNA调控网络的构建和分析
编辑人员丨1周前
目的:构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探索胃癌发生、发展的分子机制。方法:应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA-lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID),对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析。结果:共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络,20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证,LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7-AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa-miR-1307-3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达,金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达,与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中,碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR-183-5p均与患者生存时间有关,CHST1表达量越高患者生存时间越短,而miR-183-5p表达量越高患者生存时间越长。结论:胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制,CHST1和mi-183-5p可作为胃癌预后的预测指标。
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编辑人员丨1周前
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Schaaf-Yang综合征患儿1例的临床与遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨1例Schaaf-Yang综合征(SYS)患儿的临床特征与遗传学病因。方法:选取2020年11月30日于华中科技大学同济医学院附属武汉儿童manbet官网登录 就诊的1例SYS患儿为研究对象。抽取患儿及其父母外周静脉血样,应用全外显子组测序对患儿进行基因检测,采用Sanger测序进行家系验证,并对候选变异进行生物信息学分析。结果:①本例患儿为男性,1岁9个月,具有发育迟滞、阴茎短小、特殊面容等临床表现。②基因检测结果提示,患儿 MAGEL2基因存在c.3078dupG(p.Leu1027Valfs*28)新发杂合变异,Sanger测序结果显示患儿父母均未携带该变异,提示为新发变异。③ MAGEL2基因c.3078dupG(p.Leu1027Valfs*28)变异在ESP、1000 Genomes与ExAC等数据库中均未见收载,根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)制定的《ACMG遗传变异分类标准与指南》,该变异被评级为致病性变异。 结论:MAGEL2基因c.3078dupG(p.Leu1027Valfs*28)变异可能为本例SYS患儿的遗传学病因,进一步拓展了 MAGEL2基因变异谱。
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编辑人员丨1周前
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头颈部腺样囊性癌临床病理和分子遗传学研究进展
编辑人员丨1周前
腺样囊性癌(ACC)是好发生于头颈部的涎腺型恶性肿瘤,由上皮细胞和肌上皮细胞形成管状、筛状和实性三种形态,高级别转化形态罕见;在生物学行为上具有嗜神经侵袭、高复发和晚期易肺转移等特征。全基因组及外显子组测序技术发展促进了头颈部ACC分子机制研究,在MYB基因易位、NOTCH信号通路、表观遗传修饰、DNA损伤修复通路、磷脂酰肌3-激酶通路等研究方面取得了重要进展;复发或转移性ACC有了初步分子学分型:MYB +/NOTCH1 +、MYB +/其他、MYB wt/NOTCH1 +、MYB wt/TERT +和MYB wt/NOTCH1 wt/TERT wt(三阴型);分子靶向药物取得了令人鼓舞的疗效,为ACC患者尤其是晚期患者的治疗提供了新的选择。
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编辑人员丨1周前
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三磷酸腺苷结合盒式亚家族C成员8在脑胶质瘤组织中的表达及预后预测价值
编辑人员丨1周前
目的:探讨脑胶质瘤组织中三磷酸腺苷结合盒式亚家族C成员8(ABCC8) mRNA的表达及其作为预测脑胶质瘤预后评估指标的应用价值。方法:收集中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中304例脑胶质瘤患者(研究组)的性别、年龄、组织病理类型、WHO分级、IDH突变、1p/19q缺失、生存时间和ABCC8 mRNA表达水平等数据,采用单因素及多因素Cox回归分析明确脑胶质瘤患者的预后影响因素,并通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库的506例脑胶质瘤患者、分子脑肿瘤数据库(REMBRANDT)的271例脑胶质瘤患者进行验证。结果:研究组304例脑胶质瘤组织中ABCC8 mRNA表达量为15.93±1.23。ABCC8 mRNA表达量与患者的年龄、组织病理类型、WHO分级、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变状态、1p/19q缺失状态、WHO分子分级有关(均 P<0.01)。ABCC8 mRNA高表达组患者的中位生存时间为85.60个月,明显长于低表达组(14.07个月, P<0.001)。单因素Cox回归分析显示,年龄、组织病理类型、WHO分级、IDH突变状态、1p/19q缺失状态、术后放疗、术后化疗及ABCC8 mRNA表达与患者总生存时间有关(均 P<0.05)。多因素Cox回归分析显示,WHO分级( HR=3.117,95% CI:1.970~4.930)、1p/19q缺失状态( HR=0.285,95% CI:0.155~0.526)、术后化疗( HR=0.680,95% CI:0.488~0.948)及ABCC8 mRNA表达( HR=0.690,95% CI:0.491~0.971)为脑胶质瘤患者生存时间的独立影响因素。在TCGA数据集中,ABCC8 mRNA高表达组患者的中位生存时间为133.70个月,长于低表达组患者(19.60个月, P<0.001)。在REMBRANDT数据集中,ABCC8 mRNA高表达组患者中位生存时间为37.93月,长于低表达组患者(15.83个月, P<0.001)。 结论:脑胶质瘤组织中ABCC8 mRNA的表达水平与肿瘤恶性程度有关,恶性程度越高,表达越低。ABCC8 mRNA的表达水平是脑胶质瘤患者预后的独立影响因素,ABCC8 mRNA高表达者预后好于低表达者。
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编辑人员丨1周前
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病理性近视患者房水非标记定量蛋白质组学分析
编辑人员丨1周前
目的:观察病理性近视(PM)患者房水标本中蛋白质表达谱的变化。方法:横断面研究。2019年1~8月在天津医科大学眼科manbet官网登录 收集32例老年性白内障患者的房水样本进行质谱检测。其中,男性11例,女性21例;年龄58~76岁,平均年龄(68.41±6.09)岁。将合并PM的16例作为PM组,不合并近视的16例作为对照组。所有患者在白内障手术操作之前从手术眼收集100~150 μl前房水。采用蛋白定量和非标记液相色谱串联质谱分析,得到差异表达蛋白。随机选取5个差异蛋白进行ELISA验证。然后用基因注释功能富集、京都基因和基因组百科全书通路富集等生物信息学分析方法分析差异表达蛋白的功能。结果:两组房水标本中共鉴定出583个可定量蛋白质,其中101个蛋白存在差异表达,包括63个上调蛋白和38个下调蛋白。ELISA验证结果显示,5个差异表达蛋白在PM组和对照组之间的表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果相一致。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、防御/免疫蛋白、蛋白质修饰酶、代谢物间转换酶、细胞外基质蛋白等。生物信息学分析表明,PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。结论:PM患者房水标本中蛋白质表达谱较对照组有明显变化,这些差异变化提示PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。
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编辑人员丨1周前
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儿童急性淋巴细胞白血病合并毛霉菌病3例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)合并毛霉菌病的临床特征及预后。方法:回顾性分析2020年10月至2021年1月收治于郑州大学第一附属manbet官网登录 儿童血液肿瘤科的3例ALL合并毛霉菌病患儿的临床资料。分别以“急性淋巴细胞白血病”“毛霉菌病”“acute lymphoblastic leukemia”“mucormycosis”为检索词检索中国知网、万方数据库、PubMed数据库自建库至2021年6月的相关文献,总结ALL合并毛霉菌病的临床特点、诊疗经过及预后。结果:例1,男,12岁,因“确诊ALL 7 d”就诊,诱导化疗期间出现发热、胸痛,肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)检出米根霉菌,应用两性霉素B联合泊沙康唑,病情好转后改为泊沙康唑单药应用,出现骨质破坏,再次加用两性霉素B。例2,男,4岁,因“面色苍白1个月,皮肤出血点10 d”就诊,诊断为ALL,诱导化疗期间出现咳嗽、发热,血液mNGS检出微小根毛霉,应用两性霉素B联合伏立康唑,出现播散感染,改为两性霉素B联合泊沙康唑,并行皮肤创面封闭式负压引流术。例3,女,2岁,因“发热20 d,下肢跛行10 d,咳嗽6 d”就诊,诊断为ALL,诱导化疗期间出现发热、咳嗽,肺泡灌洗液mNGS检出微小根毛霉,应用两性霉素B联合泊沙康唑,病情好转后改为泊沙康唑单药应用。随访至2021年6月,3例患儿病情好转,未出现毛霉菌感染反复,原发病处于完全缓解状态。检索符合条件的中文文献7篇、英文文献17篇,共25例儿童ALL合并毛霉菌病患儿。结合本组3例,28例中11例鼻眶脑型,4例肺型,2例皮肤型,2例胃肠道型,9例播散型。17例发生于诱导化疗期间,8例发生于维持化疗期间,3例发生于造血干细胞移植后。15例曾应用伏立康唑治疗。19例药物联合手术治疗,7例单纯药物治疗,2例未治疗。21例经治疗后好转,7例死亡。结论:ALL合并毛霉菌病多发生于诱导化疗阶段,临床表现缺乏特异性。早期行mNGS可协助明确病原体,为明确诊断提供依据。病情需要时联合外科手术治疗,有助于改善预后。
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编辑人员丨1周前