目的 了解海南emm12型A族链球菌(group A Streptococcus,GAS)基因组特征及对目前常用抗菌药物的敏感性,为猩红热等GAS相关疾病提供病原学数据.方法 基于2022年海南省呼吸道症候群监测获得的咽拭子分离GAS菌株,应用高通量测序技术对所分离菌株进行基因组测序和emm基因分型、基因多位点序列分型(multi-locus se-quence typing,MLST)、耐药基因与毒力基因预测,利用MEGA 10.1.8最大似然法(maximum likelihood,ML)绘制系统进化树.采用微量肉汤稀释法测定最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)进行药敏试验.结果 2022年海南呼吸道症候群监测分离的4株GAS分离株均为emm12/ST36型,毒力基因除emm基因外,共检测到7种超抗原基因speB(100%)、speI(75%)、speH(75%)、speC(100%)、ssa(100%)、sme Z(100%)、speG(100%).所有菌株均携带大环内酯类耐药基因ermB和ermTM、四环素耐药基因tet(M),均不携带耐药基因mefA,对红霉素、克林霉素、四环素耐药率100%,对青霉素仍保持高度敏感.系统进化树分析显示,海南分离株均集中在同一分支上.结论 2022年海南GAS优势基因型为emm12型,MLST分型与emm分型具有一致性.携带的耐药基因与药敏实验结果一致,海南地区青霉素等β-内酰胺类药物可继续作为GAS临床治疗首选药物,需扩大菌株量进一步监测.

[目的]对重症监护病房(ICU)发生的一起疑似耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)manbet官网登录 感染暴发事件进行分析,为多重耐药菌manbet官网登录 感染防控提供参考.[方法]收集2021年11月仁济manbet官网登录 综合ICU发生的4例CRAB感染患者的临床资料、流行病学史、环境卫生学监测和多位点序列分型(MLST)数据,进行回顾性分析.[结果]共发生4例CRAB肺部感染,其中1例病例为社区获得性感染,3例为manbet官网登录 获得性感染,分离的菌株耐药性相同,且均属于ST368型.40个物体表面和医务人员手样本中,在首发病例的输液架和床旁的回风口滤网检出CRAB共2株,检出率为5%.在采取集中隔离CRAB感染患者、改进环境清洁消毒流程、加强手卫生、加强人员管理和培训及督导等措施后,未再发生同类CRAB感染病例.[结论]此次疑似CRABmanbet官网登录 感染暴发可能与环境清洁消毒不彻底及手卫生执行不到位有关.及时识别和调查,采取有针对性的整改措施是控制manbet官网登录 感染暴发的关键.

目的 对2018-2023年福州市分离的霍乱弧菌进行全基因组测序,预测毒力基因、耐药基因和序列位点信息,分析不同菌株间遗传关系,为防治霍乱提供依据.方法 对60株霍乱弧菌进行全基因组序列测定,运用生物信息学软件对测序数据进行质控、基因组装和预测,采用PubMLST、ResFinder、VFDB等数据库预测不同菌株的多位点序列分型、耐药基因和毒力基因情况,结合NCBI数据库,经核心基因组单核苷酸多态性(core genes Single Nucleotide Poly-morphism,cgSNP)系统发育分析和去重组分析,采取最大似然法构建系统发育树.结果 60株霍乱弧菌基于7个管家基因分型,获得16种已知序列型(sequence type,ST)和38种新分配的ST,O1群临床分离株H339为ST75,O1群食品分离株H13、H363和H381均为ST175,非O1/非O139 群霍乱弧菌(non-O1/non-O139 Vibrio cholerae,NOVC)分离株H263、H357均为ST1218,H293、H306均为ST1700,H311、H314、H316均为ST1699,其余分离株存在多样性.共预测29种耐药基因,包括喹诺酮类、叶酸通路拮抗剂类、氨基糖苷类和β-内酰胺等,大部分菌株携带喹诺酮类耐药基因.经过VFDB数据库预测,所有病原菌株均含有rtx、hlyA毒力因子,96.7%(58/60)菌株携带tlh基因,O1群分离株均携带tcp、zot、ace基因,O1群临床分离株携带ctxA基因.全基因组系统发育树进化分析将全部菌株分为20个分支,基因组高度分歧.结论 新发现38种STs.O1群食品分离株之间存在遗传相关性,O1群临床分离株与O1群食品分离株之间、O1群与NOVC菌株之间亲缘关系较远,分离菌株存在多样性.此项研究能够为食源性疾病溯源提供数据支持.

目的 了解辽宁省市售鲜禽肉中空肠弯曲菌耐药表型和耐药基因遗传特征及毒力基因携带情况,为防控提供基础数据.方法 本研究采用琼脂稀释法检测9株来源于辽宁省各市市售鲜禽肉中的空肠弯曲菌的耐药表型,并对菌株进行全基因组测序,将全基因组序列与抗生素抗性基因数据库(CARD)和致病菌毒力因子(VFDB)数据库以及PubMLST数据库比对,获得基因组中的耐药基因、毒力基因和多位点序列分型(MLST)的情况.结果 9株空肠弯曲菌中8株携带介导四环素类抗生素耐药基因tet(O),耐药表型中有6株对四环素耐药.1株空肠弯曲菌耐5种抗生素,分别对萘啶酸、环丙沙星、庆大霉素、链霉素和四环素耐药.全基因组测序分析表明9株空肠弯曲菌分属6个MLST型别,以ST45和ST2274为主,多重耐药株为ST8089,耐药基因型与表型相关联.毒力基因cadF、jlpA、peb1A、rpoN、ciaB、cheY、cdtB、cdtC、htrB和waaF的携带率都为100%,flaA和cdtA的携带率均为78%.2株空肠弯曲菌携带13种毒力基因.结论 辽宁省地区鲜禽肉中空肠弯曲菌存在耐药情况,并携带多种耐药基因和毒力基因,有一定程度的引起食源性疾病的风险,因此应加强空肠弯曲菌感染监测.

目的 分析2022年潮州市非伤寒沙门菌血清型、耐药性及分子流行病学特征,为有效防控食源性疾病的发生提供病原学支持.方法 2022年通过广东省潮州市哨点监测和食品风险监测,分离人源非伤寒沙门菌和食品来源非伤寒沙门菌,并对菌株开展血清学分型、药敏试验和全基因组测序分析.结果 2022年潮州市腹泻监测粪便标本共采集1 257份,检出非伤寒沙门菌58株,分离率4.61%;116份食品标本中检出非伤寒沙门菌2株,分离率1.72%.幼儿期为感染的主要年龄段(14/144,9.72%).6月份检出率最高(12/123,9.76%).58株人源非伤寒沙门菌可分成12种血清型,其中鼠伤寒沙门菌检出率最高(44/58,75.86%).药敏结果示,55株存在耐药,耐药率91.67%,其中氨苄西林、四环素、氯霉素和链霉素的耐药率较高,分别为76.67%、70.00%、67.67%和60.00%;49株具有多重耐药性,多重耐药率占81.67%.分子特征示,通过多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)60株沙门菌菌株可分成14个序列分型(sequence typing,ST),鼠伤寒沙门菌ST34占主导优势,全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide poly-morphism,wg-SNP)进化分析示,本研究菌株间表现为较高的遗传异质性,鼠伤寒沙门菌聚类分布,临床样本肠炎沙门菌进化关系较为接近.结论 2022年潮州市人源非伤寒沙门菌血清型多样,其中鼠伤寒沙门菌占优势,多重耐药情况严重,分子分型呈现进化多样性特点.

目的 对长沙市1例人感染禽流感H5N6病毒A/Changsha/1/2022(H5N6)的遗传进化与分子特征进行分析,为防控人感染H5N6禽流感提供依据.方法 运用第三代测序平台对样本进行全基因组测序,从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)和全球共享禽流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data,GISAID)数据库下载参考序列进行比对,利用Mega7软件构建遗传进化树并分析关键氨基酸变异位点.结果 对序列进行分析发现,本研究毒株属于H5亚型Clade2.3.4.4b分支.PB1与湖南省A/duck/Hunan/S40199/2021(H5N6)同源性为99.69%;PB2与A/Whooper swan/Sanmenxia/Y36/2020(H5N8)同源性为98.58%;其余序列与2021年广州发现的毒株A/Guangdong/1/2021(H5N6)高度同源.以上结果表明该病例是由重组的H5N6亚型禽流感病毒感染导致.对毒株序列的氨基酸位点分析发现,裂解位点氨基酸组成为RERRRKR↓GLF,符合高致病性禽流感特征.HA序列中Q226L和G228S位点未发生突变,提示病毒保留结合禽类受体的特征,然而S127P、S137A、T160A、T192R、A267T的突变增加了病毒对人类的亲和性.NA蛋白茎部59-70位点缺失,提示该毒株能增强病毒在哺乳动物体内的毒力.内部基因PB1发生S622G突变,PB2发生K389R和V598T突变,PA发生N409S突变,M1发生N30D和T215A突变,NS1发生P42S突变,这些突变会增强禽流感病毒感染小鼠的毒力.结论 本研究的长沙市人感染H5N6病毒为高致病性禽流感病毒,倾向于结合禽类受体,但关键氨基酸位点存在多处变异进而易于感染人类,应持续加强对禽流感H5N6病毒的监测与研究.

目的 分析上海市医疗机构工作人员手分离鲍氏不动杆菌的耐药基因与毒力基因.方法 选取2018-2021年上海市16所不同级别manbet官网登录 工作人员为研究对象,对医疗机构重点科室工作人员的手进行采样、分离、鉴定,对鲍氏不动杆菌进行药敏试验、利用BioNumerics软件对全基因组测序数据组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因、耐药基因、耐药性与毒力基因相关性分析.结果 45株菌株除对替米卡星敏感,对其他21种抗菌药物呈现不同程度耐药,45株菌株携带多种耐药基因与毒力基因,24.44％菌株携带耐消毒剂基因,鲍氏不动杆菌的耐药性与毒力基因csuA/B、abaI、hemO、KatA密切相关,cgMLST分型显示在manbet官网登录 中有可能存在以手作为传播载体的鲍氏不动杆菌的克隆传播.结论 本市医护人员手部分离鲍氏不动杆菌携带多种耐药基因与毒力基因的特征,实施有效措施加强医护人员手卫生依从性与执行率,为阻止耐药菌株的传播有着十分重要的意义.

目的 了解安徽省柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据.方法 采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序.运用MEGA11.0对5株CV-A4分离株,32株CV-A4代表株和肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)原型株BrCr基于VP1区构建系统进化树,对分离株以及肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)原型代表株基于P1、P2、P3区分别构建系统进化树;选用DNAStar进行毒株VP1区氨基酸序列比对,使用BioEdit7.2进行氨基酸置换熵分析并作氨基酸位点熵值图,使用SimPlot3.5和RDP4对CV-A4分离株和EV-A原型代表株进行重组分析,使用DnaSP6软件进行分离株和参考代表株的选择压力分析.结果 系统进化树显示:分离株属于C2亚型,与中国大陆地区流行的CV-A4毒株属于同一分支,C2亚型分支的毒株氨基酸序列同源性为97.30％-100％,分离株同原型相比,均有6个氨基酸变异位点.选择压力分析表明C2亚型的CV-A4毒株受负选择压力的影响,置换熵分析编码区氨基酸序列有25个易突变位点,占比1.14％,毒株进化主要依赖重组.重组分析表明分离株在P2、P3区域与多种EV-A原型株发生不同区段的重组,与CV-A5原型株重组区段较长,尤其在3A-3C区段,P1是相对保守的区段.结论 安徽省CV-A4在P2、P3区与其他EV-A原型株发生频繁重组事件,应对安徽省CV-A4的分子进化研究继续保持密切关注.

目的 对四川省一例由野生动物(猪獾)咬伤发病的疑似狂犬病病例的唾液标本进行狂犬病病毒的全基因组序列测定,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解四川省野生动物狂犬病病毒的流行和变异情况.方法 从疑似狂犬病病例的唾液标本中提取总病毒RNA,采用PCR的方法以特异性引物进行狂犬病病毒序列扩增,将获得的基因片段进行测序,并运用生物学软件将所得序列进行拼接从而得到狂犬病病毒株的全基因组序列.对全基因组进行遗传变异特征分析.结果 经测序获得1株猪獾源狂犬病病毒(以下简称SCR23-052)全基因组核苷酸序列,经NCBI在线BLAST及与多个参考序列比对表明,SCR23-052全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征;分别与宁夏毒株(J)、重庆毒株(CQ92、02050CHI)之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,SCR23-052基因组序列差异性在氨基酸水平明显低于核苷酸水平,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变.种系发生分析显示SCR23-052属于基因V型,其糖蛋白主要抗原位点未见明显突变,在线网址预测糖蛋白在第56和338位发生了氨基酸糖基化,SCR23-052与参考疫苗株CTN181的信号肽序列相比氨基酸差异最少.本研究病毒在核蛋白主要抗原位点与所有参考疫苗株均发生了相同的突变(332位A→T),在B细胞表位仅与参考疫苗株CTN181相比发生了 379位L→V的突变,SCR23-052与基因Ⅴ型的参考毒株在核蛋白研究位点均一致.结论 获得了 1株野生动物猪獾源基因Ⅴ型狂犬病病毒株全基因组序列,不同于四川以往报道流行的犬源狂犬病病毒基因Ⅰ型毒株.SCR23-052与各参考株基因组序列相比有不同程度差异,但主要毒力特征未改变.

目的 探讨ABCG2基因rs2231142(G/T)位点单核苷酸多态性与高尿酸血症易感性的关系.方法 以2018～2020年在新疆医科大学附属中医manbet官网登录 、新疆维吾尔自治区人民manbet官网登录 、新疆医科大学第一附属manbet官网登录 就诊的865例男性为研究对象,收集其血液样本,按其血尿酸水平分为高尿酸血症组(n=367)和健康对照组(n=498).采用多重荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术检测ABCG2基因rs2231142(G/T)位点的基因型并观察两组的基因多态性.利用双荧光素酶报告基因实验证实该序列对荧光素酶表达活性的影响.结果 高尿酸血症组的尿酸、体重指数、葡萄糖、肌酐、甘油三酯、舒张压、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白高于健康对照组,差异均有统计学意义(P＜0.05).两组基因rs2231142位点均符合Hardy-Weinberg平衡性检验(P＞0.05),表明该位点具有群体代表性.高尿酸血症组和健康对照组中GG、GT、TT3种基因型的分布频率差异有统计学意义(x2=17.146,P＜0.001),等位基因G和T在两组间分布频率比较差异有统计学意义(x2=19.115,P＜0.001).不同遗传模型中,TT基因型均表现为高尿酸血症的危险因素(加性模型OR=2.302,95％CI:1.472～3.603;显性模型OR=1.689,95％CI:1.283～2.210;隐性模型OR=1.867,95％CI:1.221～2.874).尿酸、葡萄糖、甘油三酯在不同基因型分组间比较,差异均有统计学意义(P＜0.05).两两比较结果显示,G/T组与G/G组、T/T组与G/G组组间的尿酸、葡萄糖、甘油三酯水平差异均有统计学意义(P＜0.05).其中T/T组尿酸水平最高,G/G组葡萄糖和甘油三酯水平最高.双荧光素酶活性测定结果显示,rs2231142(G/T)具有启动子功能;且含G等位基因比含T等位基因的重组质粒荧光素酶报告基因的表达水平较高,是其1.120倍(P=0.012).结论 ABCG2基因rs2231142(G/T)位点单核苷酸多态性与高尿酸血症易感性间存在关联,等位基因T可能是高尿酸血症的危险因素.