实验动物微生物质量对科学研究数据的有效性和重复性以及人类健康和动物福利至关重要.目前,独立通风笼具(individual ventilation cage,IVC)已成为主流的啮齿类实验动物饲养系统.针对这种饲养方式的病原体监测方法最常用的是脏垫料哨兵动物法(soiled bedding sentinels,SBS),该方法是以间接接触和延迟反馈的方式监测鼠群的微生物携带状况,能有效监测通过粪-口途径传播的病原体如小鼠肝炎病毒、呼肠孤病毒等.但这种方法难以监测到主要通过气溶胶、直接接触等途径传播的病原体,例如仙台病毒、嗜肺巴斯德杆菌等.排风粉尘(exhaust air dust,EAD)-PCR监测方法分为在IVC笼架排风管道中拭子采样,用以监测管道相对应的笼架;主机初效过滤前拭子采样,用以监测整个IVC笼架;EAD收集装置采样,用以监测同一个主机连接的所有笼架.不同IVC厂商针对各自的IVC系统开发了相应的EAD收集装置,使操作便捷,容易实现标准化.目前,与SBS方法相比,EAD-PCR方法的检出率和时效性都有显著提升,最快暴露一周就可检出,可作为SBS方法的补充或替代,有利于维护实验动物福利.本文对上述两种病原体监测方法的应用进展进行综述,同时结合本实验室和送检单位EAD-PCR监测的实施情况,对该方法存在的局限性进行分析并提出解决方案.EAD-PCR方法有助于减少活体哨兵动物的使用量,可以更好地维护实验动物福利的"3Rs"原则.

目的 研究成年蜂猴的肠道菌群组成情况,以探讨人工圈养蜂猴的健康影响因素.方法 采集4只成年雄性蜂猴的粪便样本,运用细菌16S rDNA通用引物扩增V4区,应用Illumina NovaSeq测序平台对蜂猴粪便微生物进行测序分析,并使用Qiime软件分析样本的复杂度和相似度.基于有效数据分析样本肠道菌群在门、属水平上的物种结构和丰度,同时应用PICRUSt软件进行菌群的代谢功能预测.结果 年龄最小的蜂猴的肠道菌群多样性指数shannon高于其他蜂猴.PCoA分析显示4只蜂猴的样本菌群组成具有一定的相似度.4只蜂猴的粪便中细菌共鉴定出了 12个门、18个纲、28个目、49个科、93个属和59个种.其中,优势菌门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均相对丰度分别为46％和28％;拟杆菌属(Bacteroides)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和梭菌属(Fusobacterium)的丰度较高,平均相对丰度分别为33％、6％和6％;有益菌群双歧杆菌属在4个蜂猴粪便样本中都存在,且在年龄较小的蜂猴中相对丰度最高.PICRUSt功能预测分析显示,蜂猴粪便菌群中氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢等功能基因的丰度相对较高.结论 应用Illumina NovaSeq高通量测序技术可以较全面地检测蜂猴的粪便菌群.蜂猴粪便中细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究.

目的 观察不同剂量美洲大蠊提取物对慢传输型便秘模型小鼠排便功能的影响.方法 35 只雄性C57BL/6J小鼠,随机分为对照组、模型组及美洲大蠊提取物高、中、低剂量组,每天给予盐酸洛哌丁胺灌胃造模及不同浓度的美洲大蠊提取物进行干预治疗,记录各组小鼠给药后粪便排泄数量及湿重;在实验结束前,收集各组小鼠粪便,采用 16S rRNA分析其肠道菌群变化;同时测定各组小鼠首次排红便时间及小肠推进率.结果 与对照组相比,模型组小鼠的粪便湿重、粒数,肠道推进率均降低;而排红便时间延长(P<0.01).与模型组相比,各美洲大蠊治疗组小鼠的粪便湿重、粒数及小肠推进率增加,而排红便时间降低(P<0.05 或P<0.01).16S rRNA分析显示美洲大蠊提取物可明显提升便秘小鼠肠道粪便中Lachnospiraceae NK4A136 和酸性拟杆菌、Alistipes、Rikenella microfusus DSM 15922 细菌的丰度.结论 美洲大蠊提取物能够缓解盐酸洛哌丁胺诱导的小鼠便秘,其作用机制与调节肠道菌群有关.

强还原土壤灭菌(RSD)方法是修复退化设施蔬菜地土壤的有效措施,但以绿肥为碳源的RSD方法田间应用是否有效还未明确.本研究以退化设施蔬菜地土壤为对象,设置6个处理:未施肥对照(CK)、未施肥+淹水覆膜(FF)、施用鸡粪有机肥(OM)、施用鸡粪有机肥+淹水覆膜(OMR)、田菁绿肥还田(TF)和田菁绿肥还田+淹水覆膜(TR),研究强还原处理和施用有机肥对土壤微生物群落组成、多样性和稳定性的影响.结果表明:与CK相比,OMR和TR处理显著降低了细菌Chaol指数,改变了细菌和真菌的群落结构,同时显著提高了芽孢杆菌、红球菌、梭状芽孢杆菌和青霉菌的相对丰度;TR处理显著降低了尖孢镰刀菌的相对丰度.冗余分析和曼特尔检验发现,土壤铵态氮和可溶性有机碳含量是影响细菌群落变化的关键因子,而土壤pH是影响真菌群落变化的关键因子.内聚力分析表明,OMR和TR处理显著提高了细菌群落稳定性,但2个处理之间的差异不显著;TR处理也显著提高了真菌群落稳定性,且显著高于OMR处理.可见,以绿肥为碳源的RSD是改善土壤健康的有效修复措施.

[目的]了解2018-2023年上海市普陀区儿童感染性腹泻病的病原谱和分子特征,为儿童感染性腹泻防控提供科学依据.[方法]收集2018年1月—2023年12月上海市普陀区儿童腹泻病监测哨点manbet官网登录 就诊病例的粪便标本,通过分离培养11种细菌和实时荧光聚合酶链反应(PCR)检测5种病毒.使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)标准分型法分析部分阳性菌株的分子分型;采用逆转录PCR方法扩增部分诺如病毒阳性标本的聚合酶-衣壳蛋白连接区,基因测序后使用生物信息软件进行分析.采用χ2检验或Fisher精确概率法比较2018-2019年和2020-2023年病原体阳性率.[结果]707例病例中,总阳性率为47.67%,单一细菌阳性率为16.27%,单一病毒阳性率为22.63%,混合阳性率为8.77%.优势病原体为轮状病毒(10.75%)、诺如病毒(10.33%)、肠致病性大肠杆菌(8.06%)、沙门菌(6.36%)、肠集聚性黏附大肠杆菌(5.52%)、弯曲菌(5.23%).夏秋季以细菌感染为主,冬春季以病毒感染为主.2020-2023年的总阳性率较2018-2019年下降(χ2=5.753,P<0.05).对37株沙门菌、81株肠致泻性大肠杆菌、19株弯曲菌完成PFGE分子分型分析,分别分为28种、80种和18种带型,带型相似度范围较广.19份诺如病毒经GⅡ组基因序列分析分为5种基因型,主要为GⅡ.Pe-GⅡ.4型和GⅡ.P16-GⅡ.2型.[结论]轮状病毒、诺如病毒、肠致泻性大肠埃希菌、沙门菌、弯曲菌为上海市普陀区儿童感染性腹泻的优势病原体,病原谱呈现季节性流行特征,部分病原体的分子特征存在多样性.应在不同季节加强儿童感染性腹泻病原体的分子特征监测,为防控提供实验室依据.

目的 收集成都某三甲manbet官网登录 2019～2022年送检的13539例尿液培养感染病原菌的分布与耐药情况,为临床在尿液培养药敏结果未出具前的经验性用药选择提供一定的参考.方法 统计2019～2022年门诊和住院患者送检的尿液培养样本,对尿液培养阳性的样本使用全自动细菌分析仪进行细菌鉴定和药敏分析,药敏结果根据美国临床和实验室标准协会(CLSI)标准进行判读,采用WHONET5.5分析致病菌株分布及对抗菌药物的耐药情况.结果 送检的13 539例尿液培养样本分离出致病菌2586株,培养阳性率19.09％,其中排在前5位的致病菌分别是大肠埃希菌1337株(46.81％)、真菌168株(6.5％)、屎肠球菌136株(5.26％)、粪肠球菌135株(5.22％)、肺炎克雷伯菌133株(5.14％);尿路感染的人群主要集中在40岁以上,且女性感染者多于男性;药敏数据表明革兰阴性菌大肠埃希菌对氨苄西林耐药率在65％以上,而肺炎克雷伯菌对氨苄西林的耐药率在3％以下,大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌均对头孢噻肟/克拉维酸钾、头孢他啶/克拉维酸钾100％敏感;革兰阳性菌中的粪肠球菌和屎肠球菌对药物耐药主要集中在氨基糖苷类和青霉素类药物,如庆大霉素、氨苄西林等,但其间耐药有明显差别,如氨苄西林对屎肠球菌几乎100％耐药,而对于粪肠球菌相对较低.结论 引起成都某三甲manbet官网登录 临床患者尿路感染的病原菌主要为革兰阴性杆菌,以大肠埃希菌居首位,同时需要注意真菌感染的增加和肠球菌属的耐药菌株比例较高不可忽视.因此在临床诊疗过程中应结合尿培养和药敏试验结果选择合适的抗菌药物,对患者进行有效治疗的同时也应加强对耐药细菌的防控.

广粪蚊[Coboldia fuscipes(Meigen)]是食用菌的主要害虫之一,昆虫共生菌潜在的生防价值为广粪蚊的绿色防治提供了新的思路.本研究首先使用Y型嗅觉仪测试了广粪蚊成虫对其14科16属21种共生菌发酵液在10 min、20 min、30 min 3个测试时间段内的嗅觉行为反应.结果表明,水生产碱菌(Alcaligenes aquatilis)、柠檬酸杆菌未知种(Citrobacter sp.)、格陵兰变色杆菌(Paenochrobactrum glaciei)3种共生菌的发酵液对广粪蚊成虫具有显著的引诱作用,沙福芽孢杆菌(Bacillus safensis)发酵液对广粪蚊成虫具有显著的趋避作用,其30 min时的相对引诱率分别达到了 20.00％、13.75％、15.00％和-18.75％.随后,基于气相色谱-质谱联用仪(gas chroma-tography-mass spectrometry,GC-MS)分析了上述4种发酵液的挥发物.结果显示,共鉴定出相对含量高于2％的化合物28种,水生产碱菌与格陵兰变色杆菌发酵液中相对含量最高的挥发物是苯甲醛,其次分别是2,5-二甲基吡嗪和十二烷二腈;柠檬酸杆菌未知种发酵液中相对含量最高的挥发物是N-苯基甲酰胺,其次是异戊酸异戊酯;沙福芽孢杆菌发酵液中相对含量最高的挥发物是异戊酸乙酯,其次是异戊酸异丙酯.本研究明确了发酵液对广粪蚊成虫具有引诱与趋避作用的共生菌,并且测定了发酵液挥发物的具体成分,为开发广粪蚊引诱剂或驱避剂提供了依据.

目的 基于腹泻病原学监测进行弓形杆菌分离和病原特征分析,为该病原导致腹泻相关研究提供基础数据.方法 收集2021-2023年北京市某区腹泻患者基础信息和临床症状信息,采集患者粪便标本进行弓形杆菌培养并使用荧光聚合酶链式反应(PCR)方法进行鉴定.分离弓形杆菌进行抗生素敏感性检测和全基因组测序并基于序列进行平均核苷酸一致性(ANI)分析、毒力基因分析和核心基因组单核苷酸多态性分析.结果 2021-2023年腹泻患者粪便弓形杆菌检出率为0.80％(6/748),2017年在北京某区腹泻监测中检出2株弓形杆菌,荧光PCR鉴定结果均为布氏弓形杆菌.本地区分离到弓形杆菌的8例腹泻患者中的5例同时分离到其他肠道致病菌.从8例腹泻患者中分离的8株弓形杆菌对不同抗生素耐药株数分别为耐四环素7株、耐氟苯尼考6株、耐链霉素6株、耐阿奇霉素5株、耐克林霉素5株,6株菌耐3类或3类以上抗生素;基于基因组序列的ANI分析确定8株菌均为布氏弓形杆菌.结论 北京市某区腹泻患者中分离弓形杆菌以布氏弓形杆菌为优势种,弓形杆菌感染者的临床特征以及分离菌株的病原特异性需要增加菌株数量后继续深入研究.

目的 探讨通脑益智方治疗非痴呆型血管性认知障碍(VCIND)脾肾亏虚、痰瘀阻络证患者的作用机制.方法 92例VCIND脾肾亏虚、痰瘀阻络证患者随机分为治疗组50例和对照组42例.两组均予常规基础治疗,对照组联合口服多奈哌齐片,每次5 mg,每晚1次;治疗组联合通脑益智方,每日1剂,水煎分早晚两次口服.两组均连续治疗3个月.治疗前后比较两组患者简易精神状态检查量表(MMSE)评分、血管性痴呆评估量表(VaDAS-Cog)评分、日常生活能力量表(ADL)评分、中医证候评分(主症包括思维呆滞、善忘无记、性情改变、语言错乱,次症包括腰膝酸软、头晕头痛、耳鸣时作、神疲乏力、肢体困重、失眠烦躁、纳呆脘胀、面部发麻).比较两组患者肠道菌群多样性和菌群丰度结构的变化及粪便中短链脂肪酸(SCFAs)水平(包括乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、异戊酸、戊酸、己酸).并纳入同期20例健康受试者粪便相关数据作为参照.研究过程中进行安全性观察.结果 与本组治疗前比较,两组患者治疗后MMSE评分升高,VaDAS-cog评分降低(P＜0.05或P＜0.01),治疗组ADL评分较治疗前升高(P＜0.05).两组患者治疗后思维呆滞、善忘无记、性情改变、语言错乱、肢体困重、失眠烦躁、纳呆脘胀、面部发麻评分及中医证候总积分均较治疗前明显降低(P＜0.05或P＜0.01);治疗后组间比较,治疗组腰膝酸软、耳鸣时作、神疲乏力、肢体困重、失眠烦躁、纳呆脘胀评分较对照组明显下降(P＜0.05或P＜0.01).肠道菌群多样性结果显示,治疗组Shannon指数较治疗前升高(P＜0.05).治疗后各样本在主坐标分析图上经Anosim分析比较差异有统计学意义(P＜0.01),提示两组间物种发生改变.治疗后,治疗组拟杆菌门和梭杆菌门相对丰度上升,放线菌门、疣微菌门和蓝藻菌门等相对丰度下降(P＜0.05),普拉梭菌属、双歧杆菌属、乳酸杆菌属、瘤胃球菌属相对丰度明显升高(P＜0.05).两组患者治疗后与健康人群肠道菌群物种多样性比较,治疗组人群的肠道菌群结构向健康受试者靠近,而对照组无此趋势.治疗组治疗后乙酸、丙酸、丁酸均较治疗前升高(P＜0.05或P＜0.01).结论 通脑益智方可改善VCIND脾肾亏虚、痰瘀阻络证患者的认知能力和生活质量,调节肠道微生态可能是其作用机制之一.

目的 寻找新发2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)中的差异菌群,并初步评估差异核心菌群在疾病代谢紊乱中的重要作用.方法 选取2020年9-1 1月在成都中医药大学附属manbet官网登录 内分泌科就诊的30名T2DM患者与体检中心的30名健康者为研究对象,构成T2DM组与对照组(NC组).收集2组志愿者的血液标本和粪便标本,血液标本用于葡萄糖、胰岛素和血脂类指标的检测,粪便标本用于肠道菌群的16SrRNA检测,之后结合生物信息学分析、Pearson相关性分析等统计学方法,对不同组间的T2DM血液指标和差异菌种进行分析;使用RT-qPCR验证前期小RNA谱筛选结果,并将筛选的差异菌与早期实验的脂质代谢组、miRNAs谱基因组数据进行多组学关联分析,构建多参数的ROC曲线模型.结果T2DM具有特异性的肠道菌群特征,考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)与粪考拉杆菌(Phascolarctobacterium faecium,P.faecium)在患病前后差异具有统计学意义.Pearson相关性分析提示,P.faecium 与高密度脂蛋白(high-density lipoprotein,HDL)(r=-0.78,P＜0.001)、低密度脂蛋白(low-density lipoprotein,LDL)(r=-0.89,P＜0.001)、胰岛素(r=-0.71,P＜0.01)具有较强的负相关性.Phascolarctobacterium 则与胰岛素(r=-0.67,P＜0.001)、体质量指数(body mass index,BMI)(r=-0.64,P＜0.001)具有一定的负相关性,所构建的基于 Phascolarctobacterium/P.faecium、脂肪酸 α-linolenic acid、miR-122-5p的联合指标的ROC曲线模型,能够比较准确地将T2DM患者与健康者区分,曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.928(P=0.001)与0.934(P＜0.001).结论 T2DM患者具有特异性的肠道菌群分布,其中,Phascolarctobacterium菌属和P.faecium菌与疾病的代谢紊乱密切相关,两类细菌理论上可作为T2DM的核心菌.