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基于RNA-seq不明原因复发性流产绒毛组织mRNA基因差异性表达研究
编辑人员丨1周前
目的:构建不明原因复发性流产(unexplained recurrent spontaneous abortion,URSA)孕妇绒毛组织的mRNA差异性表达谱并进行功能分析,为阐明URSA的发生发展机制提供依据.方法:收集2022年3月于新疆医科大学第一附属manbet官网登录 妇科门诊收治的4例URSA(试验组)和4例选择性终止妊娠孕妇(对照组)的绒毛组织样本.应用转录组测序技术(RNA-seq)筛选2组差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,进一步研究差异表达mRNA的功能,并筛选出URSA的关键基因.结果:RNA-seq分析共筛选出3 350个DEGs,其中上调基因2 259个,下调基因1 091个.通过PPI网络分析,筛选出与 URSA 有关的前 10 个关键基因:TYROBP、CD74、GH1、GH2、STAT5A、HLA-DRA、STAT5B、HLA-DRB1、CISH 和HLA-A.通过GO和KEGG生物学功能分析,发现差异性表达的mRNA参与到多种白细胞分化相关免疫反应通路和同种异体免疫应答等生物学过程.结论:利用RNA-seq获得的URSA的mRNA差异性表达谱,筛选出可能与URSA有关的关键基因及生物学通路,为进一步研究URSA的发病机制和诊疗靶点提供了理论依据.
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编辑人员丨1周前
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miRNA表达谱在产前诊断胎儿先天性心脏病中的研究
编辑人员丨1周前
目的:探究微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱在产前诊断胎儿先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)中的应用.方法:收集2021年1月-2022年12月于天津市中心妇产科manbet官网登录 就诊的30例超声确诊为CHD的孕妇(病例组)和同期10例要求行羊水穿刺的孕妇(对照组),用Illumina测序平台对2组孕妇的羊水上清进行全转录组测序,2组孕妇的全部miRNA进行归一化,分析差异表达的miRNA.从差异表达的miRNA中挑选P<0.05和llog2 FC|>3(差异倍数,Fold Change,FC)的miRNA再在羊水和外周血中进行实时荧光定量聚合酶链反应(real time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)验证,比较羊水中 miRNA 测序与 RT-qPCR 的差异倍数,挑选外周血与羊水表达调控方向一致的miRNA.结果:共发现138个差异表达miRNA,其中85个上调,53个下调.进一步挑选出了 15个差异表达的miRNA,羊水中miRNA测序与RT-qPCR结果比较相一致.外周血与羊水中表达调控方向一致的miRNA有2个,分别为miR-222-3p和miR-189-5p,这2个miRNA在病例组母血中表达量较对照组显著上升(均P<0.05).结论:母血中miRNA作为新的血清学标志物可以初步应用于筛查胎儿CHD.
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编辑人员丨1周前
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芪白平肺胶囊调控特发性肺纤维化相关免疫细胞分子机制的生物信息分析
编辑人员丨1周前
目的:通过分析特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织的单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据,联合芪白平肺胶囊的网络药理学,探索IPF患者中与芪白平肺胶囊调控相关的免疫细胞、靶基因及其潜在机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载IPF患者(IPF组)和正常者(对照组)的scRNA-seq数据,采用随机数字表法在2组中各选取20个样本用于分析IPF的免疫细胞群及其比例变化。对各免疫细胞群进行差异基因分析,将 P<0.05和|logFC|>0.6的基因鉴定为差异基因。对差异基因进行基因本体论(GO)-生物过程富集分析,探索参与IPF疾病进程的潜在分子功能及机制。基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取芪白平肺胶囊主要活性成分和靶基因,并对靶基因进行GO和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过将芪白平肺胶囊靶基因映射到IPF免疫细胞差异基因,构建"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络。通过GO和KEGG富集分析探索芪白平肺胶囊用于治疗IPF患者的潜在作用机制。通过STRING数据库和Cytoscape软件对"活性成分-靶基因-免疫细胞"网络中靶基因进行蛋白质互作分析并寻找关键靶基因。 结果:在IPF组和对照组的肺组织中共发现B细胞、T细胞和先天淋巴细胞等18个免疫细胞群。与对照组比较,IPF组中经典2型树突状细胞、肥大细胞、浆细胞样树突细胞和调节性T细胞比例均增加,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。18个免疫细胞群共包含534个差异基因,参与了淋巴细胞的活化、抗原的加工和呈递、白细胞的迁移和趋化作用等免疫相关生物过程。芪白平肺胶囊包含18个有效活性成分和239个靶基因,其中联苯双酯、槲皮素、毛异黄酮等9个活性成分靶向IPF中除浆细胞样树突细胞外的17个免疫细胞群与IL-1B、VEGFA、FOS等42个差异基因。这些靶向差异基因主要富集于活性氧或氧化应激相关通路与多个免疫信号通路,包括IL-17、MAPK、TNF通路等。 结论:芪白平肺胶囊可能靶向多种免疫细胞,并通过活性氧或氧化应激相关通路与IL-17、MAPK、TNF等免疫信号通路,调控IPF患者的免疫炎症反应。
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编辑人员丨1周前
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血液肿瘤患者三例ABO基因亚型鉴定及基因表达分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨基因分型、基因测序和基因表达分析在血液肿瘤患者ABO血型鉴定疑难情况中的应用和发现。方法:选择2019年6月至2020年5月河北燕达陆道培manbet官网登录 检验科与输血科在血型鉴定时发现血清法正反定型结果不符或凝集不典型的患者3例。分别使用序列特异性引物PCR和Sanger测序法鉴定ABO基因型,用转录组测序分析ABO和FUT1基因表达水平。结果:1例12岁女性急性淋巴细胞白血病患者为O.01.02和BA.04基因亚型,对应B(A)血清亚型;ABO基因表达量正常(354.80)。1例41岁女性急性髓系白血病患者为A1.02和B.01基因型,对应A 1B血清型;ABO基因表达显著减低(45.70)。1例42岁男性骨髓增生异常综合征伴骨髓纤维化患者为A1.02和A2.05亚型,分别对应A 1和A 2血清型;ABO基因表达量为0。3例患者FUT1基因表达量均在正常范围。临床根据基因型和对应的血清型制定血制品输注策略,无输血相关不良反应发生。 结论:血液肿瘤患者可因血型基因亚型或基因表达异常导致血清学血型鉴定困难。ABO基因分型和血型基因表达分析可帮助准确判定原因,为血制品输注提供更好的安全保障。
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编辑人员丨1周前
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VPS13B基因复合杂合变异致Cohen综合征一个家系的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:分析1个Cohen综合征家系的临床表型与遗传学特征,并为产前诊断提供实验依据。方法:选取2021年6月2日因"智力障碍及发育迟缓"就诊于郑州人民manbet官网登录 的Cohen综合征女性先证者、先证者妹妹及其家系成员(3代共11人)作为研究对象,收集先证者及先证者妹妹的临床资料。提取该家系成员外周血样品及胎儿胎盘绒毛样品基因组DNA,利用染色体微阵列技术(CMA)检测先证者染色体异常情况。利用全外显子组测序(WES)及Sanger测序,寻找先证者候选变异位点,并进行家系验证。提取家系成员外周血RNA,进行体内剪接变异体检测,应用RT-PCR分析 VPS13B基因的mRNA表达水平,并对胎龄12周的胎儿的进行产前诊断。 结果:先证者为10岁女性,临床表现为发育迟缓、躯体肥胖、高度近视、特殊面容。先证者妹妹为3岁女性,具有与先证者相同表型。CMA结果提示先证者染色体未见异常。WES结果发现先证者及其妹妹 VPS13B基因存在2个杂合变异,分别为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异,均已有报道。母亲为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)变异携带者,遗传自先证者外祖父。父亲为c.6940+1G>T变异携带者,遗传自先证者祖母。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,c.10076_10077delCA评级为致病性变异(PVS1+PS4+PM4+PP1),c.6940+1G>T评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM3+PP1)。c.6940+1G>T剪接位点变异导致 VPS13B基因第38外显子发生跳跃,产生1个缺失69个氨基酸的转录本。与对照组相比,先证者父母在外周血中mRNA表达水平降低至65%~70%( P<0.01)、先证者及其妹妹降低至40%( P<0.001)。对胎龄12周的胎儿的产前诊断发现胎儿存在c.10076_10077delCA杂合变异。 结论:VPS13B基因的c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异考虑为该家系先证者及其妹妹患Cohen综合征的致病原因。基因检测技术可以辅助临床ManBetX万博官网地址下载 诊断Cohen综合征。
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编辑人员丨1周前
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lncRNA MIR210HG在子痫前期胎盘组织中的表达及其功能分析
编辑人员丨1周前
目的:研究子痫前期(PE)产妇胎盘组织中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达及其中之一MIR210HG对绒毛膜滋养层细胞系HTR8/SVneo细胞生物学特性的影响,并对MIR210HG进行功能分析。方法:选取2018年7月至2019年7月青岛大学附属manbet官网登录 收治的PE产妇39例(PE组)和同期正常妊娠产妇39例(对照组)。(1)采用转录组测序(RNA-seq)技术分析两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA;实时荧光定量PCR技术方法检测两组产妇胎盘组织中差异表达的lncRNA之一MIR210HG的表达水平,并分析MIR210HG表达水平与收缩压、舒张压和新生儿出生体重的相关性。(2)构建小分子干扰RNA(siRNA),转染HTR8/SVneo细胞以敲低MIR210HG的表达,实验分为两组,即MIR210HG敲低(KD)组(HTR8/SVneo细胞转染siRNA敲低了MIR210HG的表达)和阴性对照(NC)组(HTR8/SVneo细胞转染NC siRNA),采用活细胞计数(CCK-8)法、穿膜小室(transwell小室)体外实验检测两组HTR8/SVneo细胞增殖和迁移能力的变化。(3)采用RNA相互作用百科全书(ENCORI)数据库预测与MIR210HG相互作用的RNA,并采用基因本体(GO)功能注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和BioCarta通路富集方法对MIR210HG的功能进行分析。结果:(1)RNA-seq技术共检测出显著差异表达的lncRNA 26个,其中表达上调21个、下调5个。MIR210HG在PE组产妇胎盘组织中的表达水平显著高于对照组(分别为9.30 ±1.90、1.10 ±0.20; t=4.425, P<0.01);MIR210HG的表达水平与收缩压( r2=0.234, P<0.05)和舒张压( r2=0.190, P<0.05)均呈线性正相关关系,与新生儿出生体重呈线性负相关关系( r2=0.157, P<0.05)。(2)与NC组相比,KD组HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移能力均显著增强( P均<0.05)。(3)ENCORI数据库分析共预测出可能与MIR210HG相互作用的RNA 38个。GO功能注释分析显示,MIR210HG可能参与免疫应答分子中介物产生的调控等27条通路的功能;KEGG通路富集显示,MIR210HG可能参与同种异体移植物排斥等8条通路的功能;BioCarta通路富集显示,MIR210HG可能参与翻译起始因子通路等8条通路的功能。 结论:lncRNA MIR210HG在PE产妇的胎盘组织中表达上调,降低MIR210HG的表达水平可促进HTR8/SVneo细胞的增殖和迁移,MIR210HG可能是滋养层细胞生物学行为的调节因子。
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编辑人员丨1周前
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肺原发滑膜肉瘤12例临床病理学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨肺原发滑膜肉瘤(primary synovial sarcoma of the lung,PSSL)的临床病理学特征、免疫表型、分子改变及鉴别诊断要点。方法:收集河南省人民manbet官网登录 2010年5月至2021年4月诊断的12例PSSL,总结其临床病理学参数,在原有基础上加做SS18-SSX融合抗体、H3K27Me3、SOX2免疫组织化学标记,评估其对PSSL的诊断及鉴别诊断价值。结果:12例患者诊断时年龄为32~75岁(平均50岁);男性7例,女性5例;左肺2例,右肺10例;6例手术患者获得病理分期数据,其中5例局限于肺组织内(T1),1例累及纵隔(T3),2例存在区域淋巴结转移(N1),均无远处转移。镜下观察11例呈单相梭形细胞型,1例为双相型,以上皮样细胞为主,表现为内衬立方上皮或柱状上皮的腺样结构及筛孔样结构,活检标本在诊断中存在很大的难度。免疫组织化学显示8例(8/12)表达广谱细胞角蛋白,11例(11/12)表达上皮细胞膜抗原,8例(8/12)表达TLE1,2例(2/12)表达S-100蛋白,所有病例均不同程度表达bcl-2及波形蛋白,所有病例均不表达SOX10及CD34,Ki-67阳性指数均位于15%~30%之间,SS18-SSX融合抗体在12例PSSL中均弥漫强阳性表达。8例(8/12)部分或弥漫表达SOX2,且在上皮样成分中强表达,3例(3/12)H3K27Me3表达缺失。12例标本均经荧光原位杂交(FISH)检测确认存在SS18基因断裂。在治疗方面,6例行手术加术后化疗,6例行单纯性化疗。其中10例获得随访数据,随访时间9~114个月,平均随访时间41个月,中位随访时间26个月;5例存活,5例在2年内死于该疾病。结论:PSSL罕见,形态学谱系较宽,明确诊断需借助免疫组织化学及分子检测手段,与目前常用的免疫标记相比,SS18-SSX融合抗体免疫组织化学对PSSL具有更好的灵敏度,有望取代FISH、逆转录-聚合酶链反应或二代测序成为诊断PSSL的替代性标志物。
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编辑人员丨1周前
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弥漫大B细胞淋巴瘤分子病理分型研究进展
编辑人员丨1周前
弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)在形态学、免疫表型、分子病理、临床表型及预后都有明显异质性。基因组及转录组测序技术的发展,将DLBCL分为EZB、BN2、MCD、N1四个亚型或C1~C5五个亚型。新的分子病理分型从基因和分子层面对DLBCL进行了更深入的认识,使预后的判断更为准确,有利于临床筛选更精准的靶向治疗。
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编辑人员丨1周前
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黑色素瘤缺乏因子2通过磷酯酰肌醇3激酶/蛋白激酶B通路调控胰腺癌细胞增殖、凋亡的作用机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨黑色素瘤缺乏因子2(AIM2)对胰腺癌恶性细胞生物学行为的影响及其作用机制。方法:通过慢病毒转染技术构建AIM2稳定过表达的胰腺癌细胞株BxPC-3和PANC-1,并分别通过定量反转录聚合酶连锁反应(qRT-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)验证AIM2的mRNA及蛋白水平。通过BrdU增殖实验、划痕实验、Transwell侵袭实验、细胞凋亡以及细胞周期实验检测过表达AIM2对胰腺癌细胞株功能的影响。通过转录组测序探究AIM2在胰腺癌中的作用机制并进行验证,使用基因表达差异分析评估多组样本之间的差异,组间差异采用 t检验分析。 结果:慢病毒转染可成功构建AIM2稳定过表达的胰腺癌细胞株。BrdU增殖实验结果表明,BxPC-3和PANC-1细胞LV-AIM2-OE组的增殖能力显著低于LV-NC组(吸光度值:0.502±0.006比0.543±0.005、0.956±0.032比1.235±0.091, t=5.568、2.903, P<0.05);划痕及Transwell实验结果表明,过表达AIM2后BxPC-3、PANC-1细胞的迁移[(51.960±4.347)%比(43.070±3.546)%、(33.380±1.562)%比(37.950±2.441)%, t=1.584、1.578, P>0.05]及侵袭能力[(66.730±2.588)个比(60.800±1.506)个、(119.900±4.410)个比(112.900±2.461)个, t=1.981、1.399, P>0.05]不受影响;流式细胞术分析细胞凋亡及细胞周期显示,BxPC-3、PANC-1细胞株LV-AIM2-OE组的早期凋亡[(6.073±0.206)%比(2.825±0.111)%、(5.230±0.247)%比(4.165±0.385)%, t=13.890、2.425, P<0.05)]以及总凋亡[(16.420±0.662)%比(10.650±0.169)%、(25.920±0.829)%比(20.710±2.697)%, t=8.441、2.116, P<0.05]比例均显著高于LV-NC组,并且AIM2过表达后可改变细胞周期分布。转录组测序(RNA-Seq)结果显示,BxPC-3和PANC-1细胞LV-AIM2-OE组中蛋白激酶B(Akt)3基因表达水平显著下调;蛋白印迹结果显示,LV-AIM2-OE组的磷酸化Akt(p-Akt)蛋白水平显著低于LV-NC组(0.647±0.027比1.451±0.030、0.408±0.019比0.978±0.026, t=19.810、17.650, P<0.001),并且人第10号染色体同源丢失性磷酸酶张力蛋白基因(PTEN)水平显著高于LV-NC组(0.908±0.099比0.627±0.013、1.231±0.027比0.557±0.016, t=2.810、21.820, P<0.05)。 结论:磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt信号通路参与调控AIM2过表达BxPC-3和PANC-1胰腺癌细胞株的生物学功能,从而抑制其增殖能力,促进细胞凋亡,改变细胞周期分布。
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编辑人员丨1周前
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系统性红斑狼疮患者长链非编码RNA表达变化及其与调节性T细胞相关性的研究
编辑人员丨1周前
目的:通过检测SLE患者长链非编码RNA(lncRNA)的表达变化,初步探索差异表达的lncRNA与调节性T细胞(Treg)数量间的联系,分析Treg相关lncRNA与SLE患者临床特征间的相关性,预测lncRNA调节Treg分化发育的机制,为SLE的治疗提供新思路。方法:收取9例活动期SLE患者外周血,提取PBMCs,用全转录组测序分析PBMCs的lncRNA表达谱,以9名健康人作为对照组,筛选差异表达的lncRNA,采用Pearson检验分析lncRNA与Treg数的相关性,以及Treg相关lncRNA与SLE患者SLEDAI评分、ESR、C3、C4之间的相关性,用miRcode和Targetscan数据库及共表达网络预测Treg相关lncRNA的靶向基因。结果:与健康对照组相比,SLE患者有240个差异表达lncRNA,包括134个高表达的lncRNA( P<0.05),106个低表达的lncRNA( P<0.05),其中ANKRD44-AS1( r=0.74, P=0.022)、LINC00200( r=0.70, P=0.037)、AP001363.2( r=0.78, P=0.014)、LINC02824( r=0.79, P=0.011)的表达量与外周血Treg数目呈正相关,AP000640.1( r=-0.72, P=0.028)、AC124248.1( r=-0.77, P=0.016)、LINC00482( r=-0.83, P=0.005)、MIR503HG( r=-0.96, P<0.001)的表达量与外周血Treg数目呈负相关,在这8种Treg相关lncRNA中,LINC00482( r=-0.73, P<0.05)、MIR503HG( r=-0.76, P<0.05)的表达量与C3呈负相关。与Treg相关的LINC00200、ANKRD44-AS1、AP000640.1通过竞争性结合miRNA或反式调控机制调控信号传导及转录激活因子5(STAT5)、磷脂酶D1(PLD1)、单一顺式结构蛋白X(HOPX)、Runt相关转录因子3(RUNX3)的表达,进而调控Treg的分化发育。 结论:SLE患者lncRNA表达谱发生变化,差异表达的lncRNA与SLE患者Treg数量和功能异常有关,并且Treg相关lncRNA与SLE疾病活动相关,其可能通过竞争性结合miRNA或反式调控机制影响STAT5、PLD1、HOPX、RUNX3的表达,调节Treg功能,参与SLE的发病和疾病进展。
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编辑人员丨1周前