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背景与目的:血清蛋白指纹图谱技术有助于筛选与食管上皮癌变相关的分子变化.本研究通过比较食管鳞癌患者与正常对照血清蛋白表达谱的差异,筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物并建立诊断模型,同时探讨其在食管鳞癌血清学诊断中的意义.方法:收集68例食管鳞癌患者和44例正常对照的血清,其中建模型组90例(55例为食管鳞癌,35例为正常对照),盲法筛选组22例(13例为食管鳞癌,9例为正常对照).采用固定金属亲和表面(immobilized metalaffinity capture,IMAC3)芯片,经表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/ionizationtime of flight-mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)测定得到蛋白质谱,通过Biomarker Wizard软件比较两组人群的血清蛋白质谱的差异,经生物信息学分析得到决策树模型并进行盲法验证.结果:在质荷比(m/Z)1.5~20 ku范围内,共检测到78个有效蛋白峰,其中25个峰差异有统计学意义(P<0.001).对建模型组的蛋白质谱数据,通过1 000次随机抽样,得到1 000个决策树.结合3倍交叉证实方法,构建了"食管鳞癌.正常对照"分组诊断的20个决策树模型.用这20个决策树来对22个盲法筛选样本进行归类预测,预测正确的样本为18个,盲法验证的灵敏度为92.31

作者:刘茶珍;朱佩云;施民新;刘继斌;廖萍;项翠琴;张一心;王文静

来源:癌症 2008 年 27卷 3期

知识库介绍

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作者:
刘茶珍;朱佩云;施民新;刘继斌;廖萍;项翠琴;张一心;王文静
来源:
癌症 2008 年 27卷 3期
标签:
食管肿瘤 癌,鳞状细胞 血清 肿瘤标志物 SELDI-TOF-MS 蛋白质组
背景与目的:血清蛋白指纹图谱技术有助于筛选与食管上皮癌变相关的分子变化.本研究通过比较食管鳞癌患者与正常对照血清蛋白表达谱的差异,筛选食管鳞癌相关血清蛋白标志物并建立诊断模型,同时探讨其在食管鳞癌血清学诊断中的意义.方法:收集68例食管鳞癌患者和44例正常对照的血清,其中建模型组90例(55例为食管鳞癌,35例为正常对照),盲法筛选组22例(13例为食管鳞癌,9例为正常对照).采用固定金属亲和表面(immobilized metalaffinity capture,IMAC3)芯片,经表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface enhanced laser desorption/ionizationtime of flight-mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)测定得到蛋白质谱,通过Biomarker Wizard软件比较两组人群的血清蛋白质谱的差异,经生物信息学分析得到决策树模型并进行盲法验证.结果:在质荷比(m/Z)1.5~20 ku范围内,共检测到78个有效蛋白峰,其中25个峰差异有统计学意义(P<0.001).对建模型组的蛋白质谱数据,通过1 000次随机抽样,得到1 000个决策树.结合3倍交叉证实方法,构建了"食管鳞癌.正常对照"分组诊断的20个决策树模型.用这20个决策树来对22个盲法筛选样本进行归类预测,预测正确的样本为18个,盲法验证的灵敏度为92.31