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目的:运用网络药理学和分子对接探究氧化苦参碱(oxymatrine,OM)治疗骨关节炎(osteoarthritis,OA)的作用机制.方法:采用数据库平台Pharm Mapper和TCMSP预测OM的目标靶点,以"osteoarthritis"为关键词通过OMIM及Gene cards数据库平台检索OA相关基因,通过Venn图交集筛选出OM治疗OA的靶点;基于数据库平台STRING 10.0获取蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络并筛选核心靶点,利用David V 6.7在线网络平台进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,运用Cytoscape 3.7.1软件构建交集基因-GO-KEGG网络,最后借助Discovery Studio 2019将OM与核心靶点进行分子对接验证.结果:共得到OM治疗OA的交集靶点80个,筛选出5个核心靶点:AKT1、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、SRC、MYC和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF).GO富集分析共得到119个条目,KEGG富集分析共得到129 条通路,通过 P 值排序筛选出 5 条治疗 OA 的通路,分别是 proteoglycans in cancer、PI3K-Akt signaling pathway、Lipid and atherosclerosis、MAPK signaling pathway、Chemical carcinogenesis receptor activation、Prostate cancer,OM

作者:叶柏柏;林城;王心宁;常征辉;李林福

来源:河南中医 2022 年 42卷 9期

知识库介绍

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作者:
叶柏柏;林城;王心宁;常征辉;李林福
来源:
河南中医 2022 年 42卷 9期
标签:
骨关节炎 氧化苦参碱 分子对接 网络药理学
目的:运用网络药理学和分子对接探究氧化苦参碱(oxymatrine,OM)治疗骨关节炎(osteoarthritis,OA)的作用机制.方法:采用数据库平台Pharm Mapper和TCMSP预测OM的目标靶点,以"osteoarthritis"为关键词通过OMIM及Gene cards数据库平台检索OA相关基因,通过Venn图交集筛选出OM治疗OA的靶点;基于数据库平台STRING 10.0获取蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络并筛选核心靶点,利用David V 6.7在线网络平台进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,运用Cytoscape 3.7.1软件构建交集基因-GO-KEGG网络,最后借助Discovery Studio 2019将OM与核心靶点进行分子对接验证.结果:共得到OM治疗OA的交集靶点80个,筛选出5个核心靶点:AKT1、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、SRC、MYC和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF).GO富集分析共得到119个条目,KEGG富集分析共得到129 条通路,通过 P 值排序筛选出 5 条治疗 OA 的通路,分别是 proteoglycans in cancer、PI3K-Akt signaling pathway、Lipid and atherosclerosis、MAPK signaling pathway、Chemical carcinogenesis receptor activation、Prostate cancer,OM