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在使用rRNA基因进行系统发育分析过程中,不同位点间进化速度的差异性可能是导致系统误差的一个重要原因.以52个真菌为研究对象,利用rRNA二级结构特征构建分区策略,探讨不同分区策略对贝叶斯分析的影响.结果显示各结构分区的最优核酸替代模型及其参数与分区类型密切相关.与传统的贝叶斯方法相比,使用结构环的分区策略对结果没有显著影响,而引入臂元素的方法却导致更高的边际似然值和支持率.此外,不考虑结构特征,简单的增加子分区数量的分区策略尽管也能导致贝叶斯因素值的增加,却没有提高解决亲缘关系的能力,说明一个合理的分区策略应该基于生物学功能(或二级结构特征)而非纯数学因素.
作者：刘超洋；庄文颖
来源：菌物学报 2013 年 32卷 3期
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