[目的]本研究旨在通过趋势分析对胁迫意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称意蜂)幼虫肠道的球囊菌Ascosphaera apis的差异表达基因(DEGs)进行转录组分析.[方法]将纯化的球囊菌孢子配制为1×10 7孢子/mL的饲料饲喂意蜂3日龄幼虫,利用Illumina HiSeq 2500平台对球囊菌胁迫的意蜂幼虫肠道cDNA进行测序,将过滤得到的有效读段(clean reads)映射(mapping)到核糖体数据库及意蜂参考基因组,最后将未映射上的reads映射到本课题组组装并注释的球囊菌参考转录组.利用STEM软件对DEGs进行趋势分析.利用WEGO软件对显著表达模式中的DEGs进行GO富集分析.利用Blastall对显著表达模式中的DEGs进行KEGG代谢通路富集分析.最后,通过对随机选取的6个DEGs进行RT-qPCR分析,对RNA-seq数据进行验证.[结果]球囊菌胁迫意蜂幼虫肠道样品的Illumina测序共得到球囊菌的25 454 076条原始读段(raw reads),经过滤得到24 909 820条clean reads,Q30均在93.46％以上.趋势分析结果显示,19 893个DEGs聚类为8个表达模式,其中有12 151个DEGs聚类为3个表现为显著上调趋势的表达模式.GO富集分析结果显示,表现上调趋势的DEGs富集在40个GO term,富集基因数最多的为细胞进程(cellular process)(2 601 unigenes),其次为代谢进程(metabolic process)(2

作者：陈大福；郭睿；熊翠玲；梁勤；郑燕珍；徐细建；黄枳腱；张曌楠；张璐；李汶东；童新宇；席伟军

来源：昆虫学报 2017 年 60卷 4期