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目的:观察胃癌组织ATP酶α2亚基( ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱( TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeqV2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编( GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例,通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据,将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序,按33%、67%者将数据三等分,低于33%者为低表达,高于67%者为高表达,两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系,比较低、中、高表达者中位生存时间,利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关(P均>0.05),与T分期、N分期、pTNM分期及组织分化程度有关(P均<0.05);ATP1A2低、中、高表达者中位生存时间分别为70、36.9和26个月,三者间比较P<0.01。 GEO数据集纳入的300例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为99、102、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、pTNM分期及Lauren

作者:李智;王硕;侯科佐;臧丹;郑春雷;车晓芳;曲秀娟;刘云鹏

来源:山东医药 2016 年 56卷 24期

知识库介绍

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作者:
李智;王硕;侯科佐;臧丹;郑春雷;车晓芳;曲秀娟;刘云鹏
来源:
山东医药 2016 年 56卷 24期
标签:
胃癌 癌症基因组图谱 人类肿瘤相关基因表达汇编 ATP酶α2亚基 gastric carcinoma cancer genome atlas human cancer-related gene expression assembly ATP1A2
目的:观察胃癌组织ATP酶α2亚基( ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱( TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeqV2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编( GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例,通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据,将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序,按33%、67%者将数据三等分,低于33%者为低表达,高于67%者为高表达,两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系,比较低、中、高表达者中位生存时间,利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关(P均>0.05),与T分期、N分期、pTNM分期及组织分化程度有关(P均<0.05);ATP1A2低、中、高表达者中位生存时间分别为70、36.9和26个月,三者间比较P<0.01。 GEO数据集纳入的300例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为99、102、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、pTNM分期及Lauren