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癌症相关通路的识别是认识癌症发生发展过程机制的生物学基础.已有的通路识别方法很少考虑基因在通路中的拓扑重要性.重叠基因降权(PADOG)方法在基因集分析(GSA)方法的基础上融入了基因特异性的影响,提高了癌症相关通路的识别性能.为进一步提高癌症相关通路的识别性能,首先统计了KEGG通路数据集中基因出度的分布情况,根据基因出度的大小定义了基因的重要性.最后将基因的特异性和重要性融合在一起,提出了一种基于基因重要性和特异性的通路分析方法PAGIS.在结肠癌、肺癌和胰腺癌3个数据集上的实验结果表明,PAGIS方法比PADOG能够提高很多癌症相关的排名,从而提高癌症相关通路的识别效果.
作者：方宏源；昝乡镇；沈良忠；刘文斌
来源：生物信息学 2017 年 15卷 4期
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