猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起猪的一种急性高度接触性肠道传染病.为了解山东地区PEDV的遗传进化趋势,对2020—2021年收集的疑似猪流行性腹泻的临床病料进行RT-PCR检测.随后将处理好的病料上清液接种于Vero细胞进行PEDV病毒分离,并利用间接免疫荧光(IFA)进行验证,成功分离到一株PEDV毒株,命名为QH-202105.将分离株传代培养至第10代,提取RNA后进行扩增并全基因组测序,结合NC-BI下载的参考序列对分离株的全基因组和S基因进行核苷酸同源性比对、系统发育树构建分析,结果显示,分离株与美国分离株USA/Colorado/2013核苷酸同源性最高,为99.1％,与CHM2013株同源性最低,为96.5％.经S基因氨基酸序列分析显示,分离株QH-202105在S基因的N端有60多处突变,两处氨基酸插入(包括第59～62位氨基酸的QGVN 4个氨基酸插入,第145位氨基酸N的插入)和两处氨基酸缺失(第115～118氨基酸的缺失,第167～168氨基酸的缺失).进化树分析结果显示,分离毒株QH-202105为G2基因群,与CH/HNAY/2015和CH/ZJCX-1/2012亲缘关系最近,属同一进化分支.在此基础上,应用PROVEAN对QH-202105的S蛋白突变氨基酸进行功能预测,结果显示,在1361处(G→C)被判定为"Deleterious",可以推测此处的突变对病毒的侵袭力可能存在间接影响.研究结果

作者：辛忠昊；郭效珍；逯晓寒；焦安琪；刘丽萍；于江；黄兵；孙淑红；吴家强

来源：生物学杂志 2022 年 39卷 3期