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目的:探讨胆囊结石和非结石患者胆囊黏膜中miRNA表达谱的差异。方法选取30例胆结石患者(结石组)和30例胆囊息肉患者(非结石组)的胆囊黏膜组织,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术进行深度测序,比较2组的microRNA表达差异。对差异表达的miRNAs进行筛选与靶基因预测,并进行GO和KEGG功能显著性富集分析。荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)对差异表达miRNAs进行验证。结果结石组和非结石组分别获得2215832和1424770条序列,平均长度22 nt。2组间显著差异表达的miRNA共计17个,其中9个表达上调,8个表达下调。GO分析结果示靶基因富集于离子的结合和转运、载脂蛋白结合、钙离子通道激活、蛋白激酶活性等分子功能以及大分子的合成和代谢、类固醇激素生物合成和代谢等生物进程。KEGG通路富集分析示靶基因多集中于癌症相关通路,包括WNT、Hippo等信号通路。qRT-PCR结果示差异性miRNA的表达趋势与测序结果相一致。结论差异表达的miRNA可能在胆囊结石的形成中具有重要作用。

作者:杨斌;张捷;刘斌;吴韬;王强

来源:天津医药 2015 年 4期

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作者:
杨斌;张捷;刘斌;吴韬;王强
来源:
天津医药 2015 年 4期
标签:
微RNAs 基因表达谱 序列分析 胆囊结石病 差异表达 高通量测序 生物信息学 microRNA gene expression profiling sequence analysis cholecystolithiasis differential expression high-through sequencing bioinformation
目的:探讨胆囊结石和非结石患者胆囊黏膜中miRNA表达谱的差异。方法选取30例胆结石患者(结石组)和30例胆囊息肉患者(非结石组)的胆囊黏膜组织,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术进行深度测序,比较2组的microRNA表达差异。对差异表达的miRNAs进行筛选与靶基因预测,并进行GO和KEGG功能显著性富集分析。荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)对差异表达miRNAs进行验证。结果结石组和非结石组分别获得2215832和1424770条序列,平均长度22 nt。2组间显著差异表达的miRNA共计17个,其中9个表达上调,8个表达下调。GO分析结果示靶基因富集于离子的结合和转运、载脂蛋白结合、钙离子通道激活、蛋白激酶活性等分子功能以及大分子的合成和代谢、类固醇激素生物合成和代谢等生物进程。KEGG通路富集分析示靶基因多集中于癌症相关通路,包括WNT、Hippo等信号通路。qRT-PCR结果示差异性miRNA的表达趋势与测序结果相一致。结论差异表达的miRNA可能在胆囊结石的形成中具有重要作用。