[目的]通过深度测序和组学分析在small RNA组学层面揭示意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)响应东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的免疫应答机制.[方法]利用small RNA-seq技术对正常及N.ceranae胁迫7d和10d的意蜂工蜂中肠(Am7CK、Am7T、Am10CK和Am10T)进行深度测序.利用相关生物信息学软件对测序数据进行质控、已知microRNA (miRNA)鉴定、新miRNA预测及miRNA的结构特征分析.通过Stem-loop RT-PCR验证新miRNA的表达.按照|log2(Fold change)≥1和P≤0.05的标准筛选出Am7CK vs.Am7T和Am10CK vs.Am10T比较组的差异表达miRNA (differentially expressed miRNA,DEmiRNA).利用软件预测DEmiRNA靶向结合的mRNA并进行GO和KEGG数据库注释,根据注释信息对细胞和体液免疫相关通路及富集靶mRNA进行统计和分析.根据靶向结合关系构建DEmiRNA和免疫通路相关差异表达mRNA (differentially expressed mRNA,DEmRNA)的调控网络.采用RT-qPCR对数据的可靠性和DEmiRNA的差异表达进行验证.[结果]共获得165895574条原始读段和132028990条有效序列标签,各组的组内Pearson相关性平均在87.92％及以上.共鉴定到928个已知miRNA和56个新miRNA.这些miRNA的长度介于18-28 nt,多数的长度为18 nt和22 nt且首位碱基主要偏向U.验证

作者：陈华枝；熊翠玲；祝智威；王杰；范小雪；蒋海宾；范元婵；万洁琦；卢家轩；郑燕珍；付中民；徐国钧；陈大福；郭睿

来源：微生物学报 2020 年 60卷 7期