[目的]蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原.本研究旨在利用PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序技术对蜜蜂球囊菌孢子(AaS)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)以及长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)进行鉴定和分析,进而揭示蜜蜂球囊菌孢子中转录组的复杂性.[方法]采用Suppa软件对蜜蜂球囊菌孢子中基因的AS事件进行鉴定.通过RT-PCR对不同类型的AS事件进行验证.采用TAPIS pipeline对蜜蜂球囊菌孢子基因的APA位点进行鉴定.利用MEME软件分析孢子全长转录本的poly(A)剪接位点上游50 bp的序列特征并鉴定motif.联用CPC和CNCI软件和比对Swiss-prot数据库的方法预测lncRNA,取三者的交集作为高可信度的lncRNA集合.进一步比较lncRNA和mRNA的转录本长度,外显子数量与长度,内含子长度,GC含量,AS事件数量.[结果]在蜜蜂球囊菌孢子中共鉴定到2 609次AS事件,包括 1 227 次(47.03％)内含子保留(retained intron,RI),842 次(32.27％)可变 3'剪切(alternative 3'splice sites,A3),415 次(15.91％)可变 5'剪切(alternative 5'splice sites,A5),85 次(3.26％)可变起始外显子(alternative first exons

作者：孙明会；刘佳美；王思懿；朱乐冉；王紫馨；叶亚萍；钱加珺；顾小雨；徐细建；陈大福；郭睿；徐国钧

来源：微生物学报 2022 年 62卷 8期