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目的:探讨基于生物信息学构建胰腺癌患者预后相关微小RNA(miRNA)预测模型及其应用价值。方法:采用回顾性队列研究方法。收集肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库(https://cancergenome.nih.gov/)自建库起至2017年9月171例胰腺癌患者的临床病理资料;男93例,女78例;中位年龄为65岁,年龄范围为35~88岁。171例患者中,64例临床病理资料完整。171例患者采用随机抽样法按7∶3比例分为训练集123例和测试集48例。训练集用于构建预测模型,测试集用于验证预测模型效能。从GEO基因公共表达数据库中下载包含9对胰腺癌及对应癌旁组织的miRNA测序数据的数据集GSE41372,从癌组织及癌旁组织差异表达的miRNA中筛选出候选差异表达miRNA,基于训练集患者信息,进行LASSO-COX回归分析,从候选差异表达miRNA中筛选出与生存相关miRNA,将其拟合成一个相对精简的预后相关miRNA模型。分别在训练集和测试集中对构建的预后相关miRNA模型的预测效能进行验证,以受试者工作曲线下面积(AUC)评价模型准确性,以一致性指数(C-index值)评价模型效能。观察指标:(1)患者生存情况。(2)差异表达miRNA筛选结果。(3)预后相关miRNA模型的构建。(4)预后相关miRNA模型的验证。(5)胰腺癌患者临床病理因素比较。(6)影响胰腺癌患者预后的相关因素分

作者:顾江宁;罗海峰;王晨琦;宁振;杜渐;马驰;陈云龙;崔士猛;林志坤;刘一平;谭广

来源:中华消化外科杂志 2020 年 19卷 4期

知识库介绍

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作者:
顾江宁;罗海峰;王晨琦;宁振;杜渐;马驰;陈云龙;崔士猛;林志坤;刘一平;谭广
来源:
中华消化外科杂志 2020 年 19卷 4期
标签:
胰腺肿瘤 总体生存率 微小RNA LASSO回归模型 受试者工作曲线 TNM分期 Pancreatic neoplasms Overall survival rate MicroRNA LASSO regression model Receiver operating characteristic curve TNM staging
目的:探讨基于生物信息学构建胰腺癌患者预后相关微小RNA(miRNA)预测模型及其应用价值。方法:采用回顾性队列研究方法。收集肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库(https://cancergenome.nih.gov/)自建库起至2017年9月171例胰腺癌患者的临床病理资料;男93例,女78例;中位年龄为65岁,年龄范围为35~88岁。171例患者中,64例临床病理资料完整。171例患者采用随机抽样法按7∶3比例分为训练集123例和测试集48例。训练集用于构建预测模型,测试集用于验证预测模型效能。从GEO基因公共表达数据库中下载包含9对胰腺癌及对应癌旁组织的miRNA测序数据的数据集GSE41372,从癌组织及癌旁组织差异表达的miRNA中筛选出候选差异表达miRNA,基于训练集患者信息,进行LASSO-COX回归分析,从候选差异表达miRNA中筛选出与生存相关miRNA,将其拟合成一个相对精简的预后相关miRNA模型。分别在训练集和测试集中对构建的预后相关miRNA模型的预测效能进行验证,以受试者工作曲线下面积(AUC)评价模型准确性,以一致性指数(C-index值)评价模型效能。观察指标:(1)患者生存情况。(2)差异表达miRNA筛选结果。(3)预后相关miRNA模型的构建。(4)预后相关miRNA模型的验证。(5)胰腺癌患者临床病理因素比较。(6)影响胰腺癌患者预后的相关因素分