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目的 分析shRNA介导黑素瘤A375细胞Cbl-b基因沉默前后差异表达蛋白.方法 使用非标记定量蛋白质组学技术鉴定分别用Cbl-b shRNA慢病毒载体(Cbl-b shRNA组)和对照慢病毒载体(对照组)转染的A375细胞的差异表达蛋白.采用生物信息学方法对筛选的差异蛋白进行基因本体富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.Western印迹验证差异蛋白(EphA2、GSK3β)表达和Cbl-b shRNA沉默后两组p-AKT表达.采用SPSS 23.0软件进行统计分析,两组间蛋白丰度比较采用两样本t检验.基因本体及KEGG富集分析结果采用Fisher精确概率法检验.结果 共鉴定3 449种蛋白,筛选出Cbl-b shRNA组和对照组差异表达蛋白74个.与对照组相比,Cbl-b shRNA组52个蛋白表达上调,22个下调.差异蛋白基因本体富集分析发现前5位显著富集生物学过程为整合素介导细胞黏附、单一生物代谢过程、整合素介导细胞黏附调节、蛋白质靶向线粒体调节、核酸代谢过程;前5位显著富集分子功能为DNA结合、2,2铁硫簇合物结合、信号受体活性、钙黏蛋白结合、细胞黏附分子结合;前5位显著富集的细胞组分为核小体、DNA包装复合体、光感器连接纤维、DNA-蛋白质复合体、胞外区部分.京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,前5位与黑素瘤相关的显著富集通路包括叶酸生物合

作者:王小坡;倪娜娜;熊竞舒;宋昊;姜祎群;陈浩;曾学思;孙建方

来源:中华皮肤科杂志 2018 年 51卷 8期

知识库介绍

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作者:
王小坡;倪娜娜;熊竞舒;宋昊;姜祎群;陈浩;曾学思;孙建方
来源:
中华皮肤科杂志 2018 年 51卷 8期
标签:
黑素瘤 泛素蛋白连接酶类 原癌基因蛋白质cbl-b RNA,小分子沉默 蛋白质组学 Melanoma Ubiquitin-protein ligases Proto-oncogene proteins cbl-b RNA,small interfering Proteomics
目的 分析shRNA介导黑素瘤A375细胞Cbl-b基因沉默前后差异表达蛋白.方法 使用非标记定量蛋白质组学技术鉴定分别用Cbl-b shRNA慢病毒载体(Cbl-b shRNA组)和对照慢病毒载体(对照组)转染的A375细胞的差异表达蛋白.采用生物信息学方法对筛选的差异蛋白进行基因本体富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.Western印迹验证差异蛋白(EphA2、GSK3β)表达和Cbl-b shRNA沉默后两组p-AKT表达.采用SPSS 23.0软件进行统计分析,两组间蛋白丰度比较采用两样本t检验.基因本体及KEGG富集分析结果采用Fisher精确概率法检验.结果 共鉴定3 449种蛋白,筛选出Cbl-b shRNA组和对照组差异表达蛋白74个.与对照组相比,Cbl-b shRNA组52个蛋白表达上调,22个下调.差异蛋白基因本体富集分析发现前5位显著富集生物学过程为整合素介导细胞黏附、单一生物代谢过程、整合素介导细胞黏附调节、蛋白质靶向线粒体调节、核酸代谢过程;前5位显著富集分子功能为DNA结合、2,2铁硫簇合物结合、信号受体活性、钙黏蛋白结合、细胞黏附分子结合;前5位显著富集的细胞组分为核小体、DNA包装复合体、光感器连接纤维、DNA-蛋白质复合体、胞外区部分.京都基因与基因组百科全书通路富集分析发现,前5位与黑素瘤相关的显著富集通路包括叶酸生物合