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目的:探讨宏基因组测序(MGS)技术在感染性葡萄膜炎诊断中的作用。方法:横断面研究。对2016年3月至2018年7月首都医科大学附属北京同仁manbet官网登录 临床疑诊为感染性葡萄膜炎的19例患者的19份玻璃体标本进行MGS检测。患者中男性8例,女性11例,年龄19~68岁;右眼10例,左眼8例,双眼1例;临床诊断急性视网膜坏死8例(9只眼),诊断不明11例(11只眼)。每份标本留取玻璃体约1 ml,800 μl标本用于MGS,200 μl标本用于实时荧光定量PCR的验证实验。MGS使用TIANamp Micro DNA Kit试剂盒提取样本DNA,BGISEQ-500平台测序。将测序数据中低质量和长度小于35 bp的数据、人类参考基因组序列及低复杂度序列去除后,获得的数据与专用微生物数据库比对分析,通过统计对比序列数占比、唯一序列数、覆盖率、测序深度等参数确定测序阳性结果,使用实时荧光定量PCR方法对上述结果准确性进行验证。结果:19份标本MGS检出多种微生物,7份测序结果为阳性。其中3份为水痘-带状疱疹病毒、2份为白念珠菌、1份为痤疮丙酸杆菌、1份为副流感嗜血杆菌。3份水痘-带状疱疹病毒标本检出的序列数占比分别为77.93

作者:张明新;彭晓燕;呼风;韦振宇;鲁辛辛;梁庆丰

来源:中华眼科杂志 2020 年 56卷 7期

知识库介绍

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作者:
张明新;彭晓燕;呼风;韦振宇;鲁辛辛;梁庆丰
来源:
中华眼科杂志 2020 年 56卷 7期
标签:
葡萄膜炎 宏基因组学 高通量核苷酸序列分析 临床实验室技术 Uveitis Metagenomics High-throughput nucleotide sequencing Clinical laboratory techniques
目的:探讨宏基因组测序(MGS)技术在感染性葡萄膜炎诊断中的作用。方法:横断面研究。对2016年3月至2018年7月首都医科大学附属北京同仁manbet官网登录 临床疑诊为感染性葡萄膜炎的19例患者的19份玻璃体标本进行MGS检测。患者中男性8例,女性11例,年龄19~68岁;右眼10例,左眼8例,双眼1例;临床诊断急性视网膜坏死8例(9只眼),诊断不明11例(11只眼)。每份标本留取玻璃体约1 ml,800 μl标本用于MGS,200 μl标本用于实时荧光定量PCR的验证实验。MGS使用TIANamp Micro DNA Kit试剂盒提取样本DNA,BGISEQ-500平台测序。将测序数据中低质量和长度小于35 bp的数据、人类参考基因组序列及低复杂度序列去除后,获得的数据与专用微生物数据库比对分析,通过统计对比序列数占比、唯一序列数、覆盖率、测序深度等参数确定测序阳性结果,使用实时荧光定量PCR方法对上述结果准确性进行验证。结果:19份标本MGS检出多种微生物,7份测序结果为阳性。其中3份为水痘-带状疱疹病毒、2份为白念珠菌、1份为痤疮丙酸杆菌、1份为副流感嗜血杆菌。3份水痘-带状疱疹病毒标本检出的序列数占比分别为77.93