隐孢子虫是一种专性细胞内寄生的原虫，属孢子虫纲，球虫亚纲，真球虫目，艾美球虫亚目，隐孢子虫科，隐孢子虫属。迄今已发现至少6个种，人和哺乳动物的隐孢子虫感染几乎均由微小隐孢子虫（C.parvum）引起。隐孢子虫的生活史有无性生殖、有性生殖和孢子生殖三个阶段，均在同一宿主体内进行。人和其他易感动物吞食成熟卵囊后，子孢子自囊内逸出，侵入肠上皮细胞，先发育为滋养体，再发育为Ⅰ型裂殖体。成熟的Ⅰ型裂殖体含有8个裂殖子。裂殖子被释出后侵入其他上皮细胞，发育为第二代滋养体。第二代滋养体经2次核分裂发育为Ⅱ型裂殖体。成熟的Ⅱ型裂殖体含4个裂殖子。这种裂殖子释出后发育为雌配子体或雄配子体，进入有性生殖阶段。雌配子体进一步发育为雌配子，雄配子体产生16个雄配子，雌雄配子结合后形成合子，进入孢子生殖阶段。合子发育为卵囊，成熟的卵囊含有4个裸露的子孢子。卵囊有薄壁和厚壁两种类型。薄壁卵囊约占20%，仅有一层单位膜，其子孢子逸出后直接侵入宿主肠上皮细胞，继续无性繁殖，使宿主自身体内重复感染；厚壁卵囊约占80%，在宿主细胞或肠腔内孢子化（形成子孢子）。孢子化的卵囊随宿主粪便排出体外，即具感染性。 卵囊呈圆形或椭圆形。大便中的卵囊为厚壁卵囊，具有二层囊壁，直径4～6μm。成熟的卵囊内含有4个裸露的子孢子和由颗粒物组成的残留体，子孢子呈月牙形，大小为1.5μm×0.75μm，有一个核。未经染色的卵囊很难识别。 隐孢子虫病的病原学检测主要检查卵囊，对粪便、胆汁及痰液均采用直接涂片染色法。①金胺-酚染色法：染色后在荧光显微镜下可见卵囊为圆形，发出乳白色略带绿色的荧光，中央淡染，似环状。本法简便、敏感，适用于批量标本的过筛检查，但需要荧光显微镜。②改良抗酸染色法：染色后背景为蓝绿色，卵囊呈玫瑰红色，内部结构清晰。③金胺酚-改良抗酸染色法：先用金胺-酚染色后，再用改良抗酸染色法复染，卵囊同抗酸染色，而非特异性颗粒呈蓝黑色，颜色与卵囊不同有利于卵囊的检查，提高了检出率和准确性。 此外，血清学检查可采用ELISA或IFA检测宿主血清中特异性抗体。采用PCR和DNA探针技术检测隐孢子虫特异DNA。这些方法均具有特异性强、敏感性高的特点，可弥补粪检不足。